גורמים במשרד לביטחון פנים ציינו כי בשום צורה שהיא לא הותקנה תוכנת ריגול או האזנה על הניידים של אמי פלמור, שי באבד, קרן טרנר ואבנר נתניהו בניגוד לפרסומים.
אותם גורמים מציינים כי "מישהו יכול לחלום שאם הייתה מותקנת תוכנת ריגול על הנייד של אבנר נתניהו השב"כ לא היה עולה על זה? אם השב"כ היה נחשף לזה לא הייתה מתעוררת סערת עולם ורעידת אדמה באותו הרגע? זה מטורף לחשוב שזה נכון. השר מוכן לכל בדיקה והוא מעוניין להשיב את אמון הציבור במשטרה שכעת מותקפת ללא כל הצדקה".
כזכור, ברשימה שפורסמה ב"כלכליסט", דווח כי בין היתר התוכנה הותקנה, לכאורה, אצל מנכ"לי משרד האוצר לשעבר קרן טרנר-אייל ושי באב"ד, איש העסקים רמי לוי, מנכ"לית משרד המשפטים לשעבר אמי פלמור, ראשת עיריית נתניה מרים פיירברג, ראש עיריית חולון מוטי ששון ועורך וואלה! לשעבר (כיום מנכ"ל חדשות 13) אבירם אלעד.
כמו כן, אמש דווח בחדשות 12, כי קיים ניגוד עניינים ב"וועדת מררי" שמונתה לבדוק את פרשת הפגסוס, כאשר שניים מתוך שלושת חברי הוועדה עבדו בשב"כ במקביל למפכ"ל לשעבר. בהסדר ניגוד העניינים של אחד מהם, הוא הצהיר על היכרות מקצועית עם אלשיך.