הוא התחרט במידה מסויימת על כך שלא הגיב לדבריו בכנסת: "אני מודה שאולי נכשלתי בלא להגיב במקום אבל זה נאומים מכובדים, אני חושב שגם ראש הממשלה לפיד וגם ראש האופוזיציה נתניהו כיבדו את המעמד בלי להתעלם מהעמדות שלהם, אבל בשפה מאוד מכובדת ועם תוכן לכולם".
שר המודיעין הביע את אכזבתו הגדולה מהדברים: "הייתי בטוח שהוא הולך לכיוון אחר לגמרי, לכבד את הטקס, ולצערי הרב הוא לקח את הדברים למקומות שכואבים לי עכשיו מאוד. אני חושב שהדברים האלה נחקרו, מוצו ונאמרו, ואני רוצה להגיד משהו אחר - אני חושש מאוד. כשאתה מאשים את השב"כ, אתה לא מאשים את עצמך. אתה בורח מאחריות. אני בן הציונות הדתית".
"ללכת עם כיפה באותו לילה ובימים שלמחרת, הילדים שלי עם השאלות 'אבא להוריד את הכיפה?', זה צרוב אצלי", תיאר שטרן את הימים הקשים מבחינתו של אחרי רצח רבין, והוסיף: "אני לא חושב שהציונות הדתית אשמה, אבל אני חושב שאנחנו היינו חייבים וחייבים לבדוק את עצמנו".
הוא פסל כניסה אפשרית לממשלה בראשות נתניהו: "נבחרה ממשלה, או הוכרעו בחירות, גם אם זה רוב מצומצם של העם זה מה שהוא רצה. נבחר מנהיג של אותם אנשים, קוראים לו בנימין נתניהו. בשורה התחתונה נבחרה ממשלה בישראל כמו שראש הממשלה לפיד דיבר אתמול, אנחנו מאחלים שהיא תשמור על עקרונות היסוד, הדמוקרטיה, מערכת המשפט, גופי הביטחון, התרבות הדיון. שיהיה להם בהצלחה".
התרעות פיקוד העורף