בשב״כ אומרים כי הצעד של ראש החטיבה היהודית בשב״כ להשעות היה הכרחי ונכון. עוד אומרים כי סגנון השיח בין א׳ ראש החטיבה היהודית לבין מפקד ימ״ר ש״י ״לא היה נכון, חרג מערכי השירות והוא לא היה ברמה הממלכתית הנדרשת מאיש שב״כ״. בשב״כ אומרים כי השיחה התנהלה בחודש אוגוסט האחרון. כאשר פעילי הימין הקיצוני ונוער הגבעות ביצעו על בסיס יום יומי פשיטות על כפרים באיו״ש ויצרו הפרות סדר תוך שהם תוקפים פלסטינים ללא הבחנה וגרמו לנזק כבד לרכוש אזרחי.
ראש החטיבה התייחס בדבריו לאותם חשודים שלגביהם היה מידע שלקחו וארגנו את האירועים. במקרה הזה ביקשו בשב״כ להוציא צווי מעצר מנהליים כדי למנוע את המשך האירועים. ״זהו הליך שמלווה משפטית. העברנו את החומרים המודעינים לשר ולראש השירות זה היה בסיום הבחינה להוצאת הצווים. זה הרקע לבקשה שהועברה ממפקד החטיבה היהודית למפקד ימ״ר ש״י״ אמר גורם בשב״כ
טרם לכך, ואטורי כתב בהודעתו: "אין מחלוקת כי בארגון החשוב הזה, שמרבית אנשיו גיבורים והגונים, חל ריקבון אתי ומוסרי בעיקר בפיקוד הבכיר. בקרב רבים מאוד בעם ובהנהגה קיימת תחושה שאותם בכירים במקום להגן על המולדת ולנהל מלחמה נגד מחבלים וטרוריסטים החלו להילחם נגד ציבורים מסוימים בעם".
לדברי ואטורי, ״ראש ארגון שמסרב לפנות את כסאו לאחר שהודח בהליך תקין וחוקי על ידי ממשלה נבחרת הוא סכנה אמיתית לדמוקרטיה ולשלטון החוק. ראש אגף באותו ארגון שמבצע מעצרים לא חוקיים וחושף את שנאתו ליהודים שלא מחזיקים בהשקפת עולמו, מלמד על עומק הריקבון שחל בשב״כ״.
מלשכת ראש הממשלה: "לשכת ראש הממשלה דוחה את הודעת השב"כ. ראש השב"כ שהודח בממשלה מתפקידו, מנוע מבדיקת האירוע החמור של ראש החטיבה היהודית שהוקלט פועל בניגוד לחוק - מפני שהוא מעורב בו. ראש השב״כ הוא זה שמאשר בהגדרה כל מעצר של יהודי, וגם בהקלטות נאמר שהמעצרים - שלגביהם מפקד הימ״ר חושש שאין ראיות - הם בטיפול לשכת ראש השב״כ ישירות. אחרי שהאשים באופן שקרי בהודעתו לבג״ץ שראש הממשלה מפעיל את סמכויות הארגון נגד אזרחים, לרונן בר יש אינטרס שלא יסתבר שההיפך הוא הנכון. ראש השב"כ החדש שימונה הוא זה שיטפל בבעיה החמורה שהתגלתה".
התרעות פיקוד העורף