הקיזוז המוצע לא יבוא במקום ההקפאות המבוצעות מכוח החוק הקיים, אלא יתווסף להן. עם זאת, מוצע כי ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי תביא בחשבון את סכומי ההקפאה הקיימים בבואה לקבוע את היקף הניכוי הנוסף, לצד שיקולים נוספים הנוגעים לביטחון הלאומי ולמדיניות הממשלה.
בדברי ההסבר להצעת החוק נכתב: "בהצעת החוק המתפרסמת בזה מוצע לקבוע כי נוסף על הסכומים המוקפאים לפי חוק הקפאת כספים, ינוכו מהסכומים שממשלת ישראל מעבירה לרשות הפלסטינית לפי חוקי היישום סכומים שהמדינה משלמת כתגמולים לפי חוק התגמולים לנפגעי פעולות איבה וכפיצויים לפי חוק מס רכוש".