הצו ניתן בשל "העדר מנגנוני תיאום עם היועצת המשפטית לממשלה והסדרים המבטיחים שפעולת הוועדה לא תביא לשיבוש חקירות פליליות והליכים פליליים פרטניים".
לחלופין, בג"ץ הורה לנמק מדוע לא ייקבעו על ידי היועצת המשפטית לממשלה, בתיאום עם ועדת פגסוס, כללים שיסדירו את פעילות הוועדה, באופן שיבטיח שהליך עבודתה לא ישבש חקירות והליכים פליליים. המשמעות היא שהיועמ"שית, שאת התנהלות התביעה תחתיה הוועדה בודקת, היא זאת שתקבע את גבולות הבדיקה.
ועדת פגסוס הוקמה ביוזמת הממשלה והשר לוין במטרה לבדוק את השימוש שעשתה המשטרה ברוגלות נגד אזרחים בניגוד לחוק. מאז תחילת עבודתה, הוועדה לא גיבשה מנגנון תיאום עם היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב מיארה, ובפרט בכל הנוגע לתיקים פליליים פעילים שמתנהלים בבתי המשפט, בהם גם פרשת הצוללות, למרות דרישתה להסדיר את הנושא מראש.
את ההחלטה נתנו השופטים יצחק עמית, עופר גרוסקופף וחאלד כבוב. כזכור, נחשף כי נעשו שימושי רוגלות במסגרת תיקים שונים, בהם בין היתר התיקים במשפט נתניהו. בעקבות הפעלת הרוגלות נגד עד המדינה בתיק 4000 שלמה פילבר, הוא הגיש נגד המדינה תביעה על פגיעה בפרטיות בסך חצי מיליון ש"ח.
התרעות פיקוד העורף