במישור האסטרטגי, איזנקוט מתח ביקורת על סיום המערכה הקודמת מול איראן ביוני 2025, וטען כי בזמן אמת היה ברור שהמטרות המרכזיות לא הושגו. "ידעתי, כי הייתי חבר בוועדת משנה למודיעין, שיש עדיין 1,200 פלוס משגרים שהיו בתוך אתרים תת קרקעיים וזה ב־3־4 שעות פותחים את הפתחים ומוציאים אותם. זה היה ידוע, הייתה לי הבנה שהאורניום המועשר והיכולת המרכזית ביותר לא נפגעה", הסביר. לטענתו, העצירה ביוני הייתה טעות: "זו הייתה הצלחה אופרטיבית וכישלון אסטרטגי. לכן אנחנו נדרשים לפעולה נוספת אחרי 8 חודשים".
הוא הסביר: "ביוני זה היה צריך להסתיים עם הפעלת כוח נוספת עד הגעה לנקודה שבה מביאים את האיראנים להסכים להוצאת האורניום מהמועשר החוצה או להשמדתו והגבלת תוכנית טילים. זה לא בוצע לא היה מהלך סוגר ההישגים הצבאיים לא מומשו להישג. הפעלת כוח לבד היא בעייתית ומורכבת. צריכה להסתיים בהכנעה דבר שיוכל לקחת גם שנים, ויכול להגיע להסכם שהוא הסכם רציני ונשכני ואני חושב שהוא גם אמצעי. מה שצריך לראות שזה לא נגמר בדברי רהב ותוך 8 חודשים נדרשים לפעולה נוספת".
לשיטתו, יש להתמקד בשלוש מטרות: השמדת תוכנית הגרעין, השמדת תוכנית הטילים ומניעת טרור, ולא בהחלפת המשטר. "אם אין יכולת לפגוע בגרעין צריך להוציא בהסכם, להשמיד את תוכנית הטילים ולמנוע טרור", הסביר והוסיף: "כשמציבים שלוש מטרות על ומציבים מטרה נוספת של החלפת שלטון זה יוצר מלכוד, שאתה לא יכול להגיע להסדרה והסכמה. אני מציע להתמקד ב־3 המטרות שציינתי. החלפת שלטון לא צריכה להיות מטרה. מי שיעשה את זה, זה העם האירני".
הזירה הצפונית
בפתח דבריו אמר איזנקוט: "אני נמצא בצפון, ראיתי את הלילה שהיה אתמול רואה עמידה מרשימה מאוד של העורף הישראלי יחד עם הרצון לראות שינוי לדורות. אני חייב לציין את המנהיגות שאני פוגש בכל מקום, בקיבוצים, בערים. מנהיגות ראויה לציון שחשוב שתשמש השראה למנהיגות האזרחית באופן בו היא רואה את הדברים, מנהלת קשר הדוק עם האזרחים ולא 'מנהיגות של זום'. אני חושב שזה מאוד חשוב ונדרש עם ההבנה שהעמידה האיתנה היא לא משאב בלתי מוגבל וצריך לזכור זאת", אמר איזנקוט וציין: "באחד הקיבוצים שאלתי כמה ילדים ונערים יש אמרו לי 150 כשרוצים לראות שינוי יסודי ונותנים למקבלי ההחלטות אורך נשימה".
איזנקוט התייחס להישגים וההזדמנויות בלחימה מול חיזבאללה: "הביפרים המבצע מרהיב אבל לא החזיר שום דבר לאחור. זו פעולה חשובה אבל אני רוצה להסתכל אסטרטגית, אסטרטגית נוצרה מציאות כמי שמלווה בארבעת העשורים האחרונים את האיום האיראני והצפון, נוצרה הזדמנות היסטורית ייחודית מעצם העובדה שאיראן שהיא המממן, המייסד ומפקד למעשה על ארגון חיזבאללה, נמצאת תחת התקפה אמריקנית-ישראלית עם הישגים מרשימים. העורף הלוגיסטי שהיה לחיזבאללה בסוריה נוטרל בשנתיים האחרונות ויש הזדמנות יסודית לעשות פה שינוי באופן בו נטפל בחיזבאללה. זה לא עוד סבב, זו מלחמה שצריך להציב לה מטרות בקנה מידה היסטורי באופן בו יתבצע שינוי יסודי באיומים על ישראל, גבולות המדינה. האויב המר ביותר זו איראן יחד עם הרצון לעשות שינוי יסודי בלבנון וזה לא עוד סבב שנועד להשיג 10-15 שנים של שקט, אלא שינוי יסודי שצריך להתבצע בלבנון ויש כאן את כל התנאים לעשות את זה".
חוק הגיוס והיקף המשתמטים
"אנחנו נמצאים שנתיים וחצי במלחמה כוללת, העובדה שיש היום הרבה מאוד עריקים ומשתמטים מעל 50 אלף לדעתי במלחמה ארוכה כוללת צודקת ואפילו מלחמת מצווה על פי הרבנים המרכזיים בציונות הדתית ובעדו הממשלה שמתגמלת את אותם עריקים, הם לא מתגייסים ויש אלפי מילואים שמתגייסים עכשיו – אין עתודה צעירה שמתווספת לצבא ועונה על צרכי צה"ל", טען איזנקוט.
התרעות פיקוד העורף