חלופה נוספת נוגעת למחוזות, שנחשבים לאחד ממוקדי הכוח הרגישים בליכוד. כיום נהנים המחוזות מייצוג מובטח ברשימה, מנגנון שמאפשר לפעילים מקומיים, ראשי סניפים וקבוצות שטח להשפיע על זהות הח"כים. לפי אחת ההצעות, המחוזות יבוטלו או יידחקו למקומות נמוכים בהרבה ברשימה, כך שההתמודדות המרכזית תתקיים ברשימה ארצית רחבה, עם מספר מצומצם של שריונים בלבד. בסביבת נתניהו רואים בכך דרך לייצר רשימה מבוקרת ונוחה יותר לניהול. בשטח הליכודי, לעומת זאת, מדובר במהלך שנתפס כפגיעה קשה בדמוקרטיה הפנימית של התנועה.
בכירים בליכוד אומרים כי נתניהו מבין היטב את הסיכון. ביטול פריימריז עלול להצית מרד בקרב חברי הכנסת, השרים, ראשי הסניפים והפעילים שרואים במנגנון הזה את מקור כוחם. בסביבתו של ראש הממשלה טוענים מנגד כי הרשימה הנוכחית אינה מספיקה כדי לנצח בבחירות הבאות, וכי הליכוד חייב להציג לציבור נבחרת רחבה, ממלכתית ואטרקטיבית יותר.
ברקע עומדת גם סוגיית ההתפקדויות ודמי החבר. נבחנים חשדות לאי-סדרים סביב התפקדויות ומימון פעילות בידי גורמים חיצוניים, ובמפלגה חוששים כי אם החשדות יתבררו כמבוססים - הדבר עלול להשפיע על תוצאות הפריימריז ועל מאזן הכוחות הפנימי. בליכוד חוששים כי מאבקים כאלה יגררו את הפריימריז לעימות בין מחנות, קבלני קולות וקבוצות כוח עצמאיות - תרחיש שנתניהו מבקש למנוע.
המאבק על שיטת הבחירה יקבע במידה רבה את דמות הרשימה שתציג הליכוד בבחירות הקרובות. נתניהו מבקש שליטה רחבה יותר בהרכב הנבחרת, אפשרות לרענון ושמירה על נאמנות פוליטית. פעילי השטח וחלק מהבכירים דורשים לשמר את כוחם של הפריימריז, המחוזות והמתפקדים. ההכרעה שתתקבל בזמן הקרוב תסמן את מאזן הכוחות החדש בתוך הליכוד.