בפתח דבריו, כותב הרמטכ"ל, "היום אישרה ועדת החוץ והביטחון בכנסת את הצעת החוק בנושא שבנדון, לקראת הצבעה לקריאה שנייה ושלישית במליאת הכנסת. כידוע לכם, השינוי בחוק מבקש לקבוע הסדר מיוחד לתלמידי ישיבות לפיו לא ינקטו הליכי מעצר, חקירה או אכיפה כלפיהם, לתקופת זמן של מספר חודשים, אשר צפויה אף להתארך לאור תקופת הבחירות הקרבה. הצעת החוק הונחה בעיצומה של מערכה רב-זירתית, ובעת שצה"ל מתמודד עם פער חריף בתחום כוח האדם, אשר משפיע ישירות על היכולת לעמוד במשימות המבצעיות", הוסיף זמיר.
עוד כתב: "עמדתו המקצועית של צה"ל ביחס להצעת החוק הוצגה בוועדת החוץ והביטחון על ידי ראש חטיבת תכנון ומנהל כוח אדם בצה"ל, וזאת במהלך מספר דיונים שנערכו בוועדה. כפי שהובהר, לא רק שהצעת החוק אינה צפויה להביא לתוספת כוח אדם בשורות הצבא בטווח הזמן המיידי, אלא ההיפך – היא מעניקה תמריץ לאי התייצבות לשירות צבאי, שכן בצידה יהיה פטור מהעמדה לדין ומהליכים פליליים", כתב הרמטכ"ל והוסיף: "בכך, ההצעה לא עולה בקנה אחד עם צרכי צה"ל וזאת באופן מובהק וחד משמעי. עוד נקבע במסגרת הצעת החוק כי תוקם ועדה בצהייל המורכבת משלושה קצינים בכירים, אשר היא זו שתהיה מוסמכת לבחון את מעמדם של תלמידי הישיבות ולאשר עבורם מעמד של "בן ישיבה" לצורך החוק".
בנוסף, כתב זמיר לנתניהו וכ"ץ כי "לאחר שבחנו את ההצעה, ברצוני להביע את התנגדותי הנחרצת למנגנון זה בהצעת החוק, וזאת משלושה טעמים מרכזיים - פגיעה בלגיטימציה ובאמון המשרתים - צה"ל פועל בימים אלה בכל האמצעים העומדים לרשותו להרחבת שורותיו – זאת, באמצעות גיוס נרחב של אנשי מילואים, בעצם בחינת הארכת שירות הסדיר, ובמיצוי מרבי של כלל מקורות כוח האדם. לא ייתכן שהמערכת הצבאית בראשותי, אשר תובעת ממשרתיה הקרבה חסרת תקדים, תהיה חתומה בו-זמנית על מתן פטורים המוניים מהעמדה לדין".
"מהלך כזה ייצור שבר עמוק מול מערך המשרתים, הנושאים בנטל הלחימה מזה כשנתיים וחצי, ויגדיל את אי השוויון. היעדר יתרון מקצועי – לצה"ל אין כל יתרון יחסי, כלים או מומחיות בבחינת הקריטריונים לפטור כפי שהם מוגדרים בחוק החדש, בייחוד כאשר מדובר בבחינה טכנית לחלוטין על בסיס תצהירים ואימותם, ולא בבחינה מהותית", הוסיף.
לסיום, כתב: "הסטת קשב ומשאבים בעיצומה של מלחמה – נוכח האתגרים העצומים המונחים לפתחו של צהייל, ועל רקע הימשכות הלחימה, הטלת משימה מורכבת ורוויית מחלוקת זו על צה"ל בחודשים הקרובים תהווה נטל ארגוני כבד, ותסיט קשב פיקודי קריטי מהמשימות המבצעיות. לאור כל האמור, ככל שהחוק צפוי לעבור, אבקשכם לפעול ללא דיחוי להסרת מנגנון הוועדה כפי שמוצע בהצעת החוק".
מלשכת יו"ר ועדת החוץ והביטחון נמסר בתגובה: "מכתבו של הרמטכ"ל בעניין הוראת השעה להקפאת הליכים פליליים נגד לומדי תורה נשלח רק אתמול בערב לשר הביטחון ולראש הממשלה לאחר שהוועדה כבר השלימה את הדיונים והצביעה על הצעת החוק, אף שנוסח הוראת השעה היה בידי צה"ל במשך כ-3 שבועות ונציגיו השתתפו בכל הדיונים. הנוסח הסופי של הוראת השעה גובש בתיאום מלא עם נציגי משרד הביטחון ולבקשתם. בנוסף, הוועדה נעתרה באופן חריג לבקשת משרד הביטחון להגיש שתי הסתייגויות לאחר שחלף המועד להגשתן, ושתיהן התקבלו ונכללו בנוסח".
עוד נכתב: "לאחר שוועדה בכנסת משלימה את הדיונים ומצביעה על הצעת חוק, היא יוצאת משולחנה וממשיכה לשלב הבא בהליך החקיקה בכנסת. נשאלת השאלה מדוע המכתב נשלח רק לאחר סיום הדיונים וההצבעה, ופורסם דווקא ביום שבו החוק צפוי לעלות למליאה. אם המטרה הייתה לתקן את הנוסח, היה לצה"ל כ-3 שבועות לעשות זאת כאמור. קשה לראות בעיתוי הזה צירוף מקרים. במהלך כל הדיונים בהוראת השעה, נציגי צה"ל לא הצליחו להציג בפני הוועדה ולו מקרה אחד שבו מעצר של לומד תורה הוביל לגיוס בפועל. הרמטכ"ל טוען במכתבו כי הוראת השעה תסיט קשב ומשאבים בעיצומה של מלחמה, אך דווקא המעצרים שאינם מובילים לגיוס".