מעבר לביטול ההחלטה על פתיחת המחוזות בפני נבחרי ציבור, קבע בית הדין כי המקום ה-35 ברשימת הליכוד יוחזר לרשימה הארצית ולא ישוריין לאישה, כי לצורך הבטחת ייצוג ייחשב לעולה מי שעלה לישראל לאחר 1 בינואר 1990, וכי המועד להגשת מועמדויות יוארך ב-48 שעות. מנגד, שמונת השריונים שהעניקה הוועידה לנתניהו נותרו בתוקף.
בית הדין התייחס גם לאחת הטענות המתוקשרות ביותר שעלו במהלך הדיונים - הטענה שלפיה נתניהו נרשם כמי שהצביע אף שלא הצביע כדין. הדיינים דחו את הטענה באופן חד-משמעי, קבעו כי לא הוצגה כל ראיה התומכת בה וכי בפרוטוקול הקלפי קיים תיעוד מסודר של הצבעתו, שנערכה בהתאם לאילוצים הביטחוניים. בפסק הדין נמתחה ביקורת חריפה גם על ההדלפות לתקשורת במהלך בירור העתירות.
עיקר ההכרעה נשען על נימוק חוקתי. רוב חברי בית הדין קבעו כי פתיחת המחוזות בפני חברי כנסת ושרים משנה שינוי מהותי את כללי המשחק שנקבעו בחוקת הליכוד, ולכן לא ניתן היה לבצע אותה באמצעות הוראת שעה בתקנון הבחירות. בפסק הדין נקבע כי המחוזות נועדו לשמש "שמורת טבע" להצמחת הנהגה חדשה ולאפשר למועמדי שטח להתחרות בתנאים הוגנים, בעוד שחברי כנסת מכהנים נהנים ממעמד ציבורי, מחשיפה תקשורתית, ממנגנון פוליטי ומיתרונות מובנים שאינם עומדים לרשות מועמדים חדשים.
לצד ההכרעה החוקתית מנה בית הדין שורה של ליקויים בהליך ההצבעה. בפסק הדין נמתחה ביקורת על כך שמנהלת הליכוד, שהייתה אחראית לניהול ההצבעה, קראה לחברי הוועידה לתמוך בעמדת יו"ר התנועה, אף שהיא עצמה שכרה את החברה החיצונית שניהלה את הבחירות. בנוסף נקבע כי החלטת בית הדין להציב משקיפים בכל הקלפיות יושמה רק שעות לאחר שניתנה.
עוד הצביעו הדיינים על אי-התאמות בין מספר המצביעים, המעטפות והקולות בכמה קלפיות. הדוגמה הבולטת ביותר הייתה בראשון לציון, שם נמצאו חמש מעטפות פחות ממספר המצביעים - בדיוק כפער שבו אושרה ההחלטה. פערים נוספים נמצאו בירושלים, ברמלה ובעכו. בית הדין לא קבע כי הספירה זויפה או הוטתה, אך קבע כי הצטברות הכשלים, בצירוף פער הניצחון הזעום, אינה מאפשרת לקבוע שהצעת הוועידה התקבלה כדין.
בית הדין דחה את האפשרות להורות על ספירה חוזרת או על הצבעה חוזרת. נקבע כי ספירה נוספת לא תוכל להשיב מעטפות חסרות או לתקן את היעדר המשקיפים בשעות הראשונות, בעוד שהצבעה חדשה אינה אפשרית לנוכח לוח הזמנים הצפוף לקראת הפריימריז.
בדעת מיעוט סבר השופט עקיבא נוף כי לא הונחה תשתית ראייתית מספקת להפיכת התוצאה. לדבריו, רוב של חמישה קולות הוא רוב לכל דבר בדמוקרטיה, ואם התעורר ספק היה מקום לכל היותר להורות על ספירה חוזרת.
לצד ההכרעה המרכזית קיבל בית הדין עתירות נוספות. נקבע כי חבר כנסת מכהן לא יוכל להתמודד במשבצת הבטחת ייצוג אלא אם יתפטר מהכנסת ולא יקבל מימון מאוצר המדינה. עוד נקבע כי המקום ה-35 ברשימה יחזור להיות מקום ארצי כללי, לאחר שהתברר כי ייעודו כמשבצת להבטחת ייצוג נשים נבע מתקלה ולא אושר בוועדת החוקה.
מנגד, נדחו העתירות שביקשו לפצל את מחוז ירושלים-שפלה-יו"ש. נקבע כי בשלב שבו כבר נרשמו מועמדים והחלה מערכת הבחירות הפנימית, הפיצול יגרום נזק גדול יותר מהתועלת האפשרית. ברוב דעות נדחתה גם עמדת הנשיא לקדם את מיקומו של מחוז חיפה והצפון ברשימה.
עוד נקבע כי מועמדי המחוזות ייבחרו בידי כלל מתפקדי המחוז, ולא בידי כלל חברי מרכז הליכוד, מאחר שהתיקון החוקתי בנושא טרם נכנס לתוקף. בנוסף הוארך ב-48 שעות המועד להגשת מועמדויות, לשינוי מסלול ההתמודדות - בין הרשימה הארצית, המחוזות ומשבצות הבטחת הייצוג - וכן לפרישה מהמרוץ תוך קבלת החזר מלא של אגרת הרישום.
התרעות פיקוד העורף