לאחר שכץ זימן את אליהו לשימוע לפני פיטורים, פרסם הליכוד הודעה חריגה בשם נתניהו: "ראש הממשלה נתניהו אישר את מינויו של יהודה אליהו לממלא מקום מנכ"ל רמ"י, שעושה עבודה לאומית חשובה בגליל ובנגב, והוא לא יפוטר". ההודעה פורסמה עוד לפני השימוע והבהירה היטב מהי עמדתו של ראש הממשלה לגבי תוצאותיו.
כץ לא התקפל. הוא הבהיר כי השימוע יתקיים וכי האפשרות להחליף את אליהו עדיין על השולחן. לדבריו, הגיעו אליו טענות קשות על "חוסר ניהול חמור", יחסי אנוש בעייתיים, הדרת נשים וחוסר שיתוף פעולה בטיפול בזכויות משרתי הקבע. הטענות, מסר, ייבחנו "בלב פתוח ובנפש חפצה", ואם לא יגיעו הצדדים "לעמק השווה", יפעל למנות ממלא מקום אחר.
במקביל יצאו מתוך הממשלה והליכוד תדרוכים חריפים נגד כץ. גורם בכיר בממשלה טען כי משרד השיכון ניתן לו כ"פיקדון בלבד", וכי מינוי אליהו לממלא מקום התקבל בידיעתו ובברכתו של נתניהו. לדבריו, אליהו "עושה את עבודתו נאמנה" ו"שם את האצבע בסכר של רמ"י", בעוד כץ מבקש לסלקו כדי לקדם מינויים שיבטיחו את השפעתו ברשות גם לאחר שיעזוב את המשרד. השימוש במילה "פיקדון" היה חריף במיוחד: הוא נועד להבהיר לכץ כי מבחינת סביבת ראש הממשלה, עצם כהונתו במשרד אינה מקנה לו יד חופשית בקביעת זהות האיש שיעמוד בראש רמ"י.
בסביבת כץ דוחים את הטענה הזאת. לדבריהם, לזימון לשימוע קדמה הצטברות של תלונות ואירועים הנוגעים לתפקודו של אליהו. ועד עובדי רמ"י העלה נגדו טענות הנוגעות ליחסי העבודה, לאופן איוש תפקידים ולחוסר ניסיון ניהולי. סערה נוספת התעוררה לאחר שאליהו הורה לבטל אירוע לעובדי הרשות שכלל שירת נשים. בעקבות הליך בבית הדין לעבודה הוא חזר בו. כץ טוען גם שאליהו לא הגיע לפגישה שנקבעה עם נציגי משפחות משרתי הקבע וגורמי מערכת הביטחון בנושא זכויותיהם במכרזי רמ"י.
העימות סביב השימוע מגיע לאחר שבועות של חיכוכים על מינויים, סמכויות ועצמאות ניהולית ברשות. כץ הורה לאליהו להימנע מקידום מינויים ומכרזים בתקופת כהונתו הזמנית, עד להשלמת הליך בחירתו של מנהל קבוע. למרות ההנחיה, נמשכה המחלוקת בין השניים סביב הליכי איוש תפקידים ברשות. מבחינת כץ, מדובר בהתעלמות מסמכותו של השר הממונה ויו"ר מועצת רמ"י. בסביבת אליהו טוענים כי הוא מבקש לשמור על עצמאותה המקצועית של הרשות ולמנוע התערבות פוליטית במינויים.
תומכי אליהו טוענים כי הוא נכנס לרמ"י כדי "לחדש ולרענן", לקדם מינויים מקצועיים, לשנות דפוסים שהשתרשו ברשות ולהוביל שינוי במדיניות הקרקע, בעיקר בנגב ובגליל. הם מייחסים חלק מההתנגדות אליו לוועד העובדים ולגורמים פוליטיים המבקשים לשמור על השפעתם במנגנון המינויים. הטענות הללו לא הוכחו, אך הן עומדות במרכז מסע ההגנה עליו.
הזיהוי של אליהו עם מחנה ההתיישבות מעניק לעימות גם ממד פוליטי רחב יותר. הוא ותומכיו מבקשים להוביל ברמ"י שינוי במדיניות הקרקע, תוך מתן משקל גדול יותר להתיישבות בנגב ובגליל. בעת אישור מינויו הציג גם נתניהו את המשימה הזאת כאחד היעדים המרכזיים שהציב בפניו. לכן שאלת המשך כהונתו אינה נשארת בגבולות המחלוקת בין השר הממונה למנהל הרשות, והיא נוגעת גם לסמוטריץ', לאנשי רגבים ולגורמים במחנה ההתיישבות המזוהים עם דרכו של אליהו.
כץ מודע לרגישות הזאת. בתגובתו הבהיר כי גם אם ימונה ממלא מקום אחר, מדיניות חיזוק ההתיישבות היהודית בנגב ובגליל תימשך, ואף הזכיר את חלקו במרד נגד ההתנתקות. מבחינתו, הוויכוח הוא על דרך ניהולה של רמ"י ועל סמכותו של השר הממונה עליה.
לעימות יש משקל נוסף בגלל מעמדו של כץ בליכוד. כיו"ר מרכז המפלגה וכאחד מאנשי המנגנון החזקים בה, הוא מחזיק בסיס כוח עצמאי. רק לאחרונה היה שותף מרכזי לנתניהו בעיצוב כללי הפריימריז והשריונים ברשימת הליכוד. משום כך, התדרוך שלפיו משרד השיכון ניתן לו כ"פיקדון בלבד" נשמע גם כאזהרה פוליטית חריגה בחריפותה לאחד מבכירי המפלגה.
כעת המבחן הוא השימוע. נתניהו כבר הודיע בפומבי שאליהו לא יפוטר, ואילו כץ עומד על קיומו ומותיר את האפשרות להחליפו פתוחה. אם השימוע יתקיים כמתוכנן, יתברר שכץ אינו רואה בהודעת נתניהו סוף פסוק. אם יבוטל או יתרכך, יהיה קשה להתעלם מההשפעה שהייתה להתערבות הפומבית של ראש הממשלה על ההליך.