הוא ביקר גם את ההתנהלות של משפחתו של ראש הממשלה: "ההצלחה של נתניהו היא האסון של מדינת ישראל. זה בן אדם שמשקר על כל צעד ושעל. הוא מצליח לצערי להשריש את תיאוריית הבגידה. ברור שהייתה התרשלות עמוקה; בגידה לא הייתה. הוא והמשפחה שלו מטפחים את תיאוריית הבגידה, הוא מערער את האמון הבסיסי בין האזרח לבין מוסדות המדינה". כמו כן, טען איזנקוט בנוגע לתחילת המלחמה לאחר טבח ה-7.10: "לקח לי תשעה ימים לשכנע את הקבינט ואותו להכניס את השבת החטופים אל מטרות המלחמה".
הוא ניסה לצנן את ההתרשמות מיכולותיו הפוליטיות של נתניהו: "הוא רחוק מלהיות קוסם. הליכוד בכל סקר נמצא עם 18 מנדטים, ואני רואה את זה בכל ביקור שלי - מיאוס כבד מהשקר, ובעיקר מבחן התוצאה. אני מעמיד אלטרנטיבה לא מתוך רצון לכוח, כבוד או כסף - אלא מתוך הבנה שיש פה שליחות בקנה מידה היסטורי". הוא הוסיף: "המטרה מקדשת את האמצעים אצלו - הישרדות בכל דרך, וזה מה שמנחה אותו, וזה מה שמסביר את ההתנהגות הלא רציונלית שלו".
על התנהלות האופוזיציה בימים האלו לקראת הבחירות הקרובות, סיפר: "הסקרים תנודתיים - והייתה כניסה של מפלגות חדשות לתווך הבין גושי". ראשי המפלגות מדברים ואני מניח שיהיו מפגשים בתקופה הקרובה. ישנם מפגשים אחת לשבוע של תיאום בין המפלגות, ויש גם חילוקי דעת ענייניים, יש לנו מטרה משותפת, ואני בטוח שהיא תבוא לידי ביטוי עד הבחירות ותביא לזה שננצח את הממשלה הכושלת הזאת".
מהליכוד נמסר בתגובה: "איזנקוט שוב משקר: השבת החטופים הוגדרה יעד עוד לפני שנכנס לממשלה, הוא לא התריע בפני שום מתקפה - הפוך - הוא התנגד לצעדים חיוניים כמו השלמת כיבוש רפיח, אמר שלא היה מחסל את חמינאי והתנגד לחיסול נסראללה. רצף השקרים של איזנקוט נועד לכסות על העובדה שהוא יקים ממשלת שמאל עם יאיר גולן, ליברמן והמפלגות הערביות".
התרעות פיקוד העורף