אגף הבטחון של משרד התחבורה הוציא הודעה חריגה במהלך תדרוך: "לא קיבלנו את השמות של הטייסים בטיסה של פליי דובאי, באופן כללי אנחנו לא מקבלים שמות של טייסים ובידוק בטחוני או מודיעני שלהם. אלא רק נסמכים על הצהרה מצד חברת התעופה שהטייסים עברו בדיקות בטחוניות, כי זוהי הרגולציה הבינ"ל".
בתדרוך נאמר כי בתחילת השבוע ייערך דיון אצל שרת התחבורה רגב עם כלל הגורמים המעורבים, אך עד כה למעט חידוד נהלים לחברות התעופה, לא נעשו בדיקות מיוחדות.
לדברי הגורם, "עכשיו אנחנו מבצעים בדיקות לאחור לראות אם טייסים וצוותי אוויר ממדינות אויב נכנסו לנתב"ג. ההערכה כרגע שהשמים של ישראל היו פתוחים. שאגף הביטחון של משרד התחבורה כשל. לא פיקח ולא ביצע את הנדרש ממנו".
ביקורת נוספת עולה כלפי השב"כ. איחוד האמרויות נמנע מלאפשר לשב"כ להכניס מערכות בדיקת מזוודות ומטענים שעולים למטוסים הישראלים, ובעקבות כך נאסר על החברות הישראליות לטוס בקווי איחוד האמרויות לישראל. בפועל, החברות הזרות של איחוד האמירויות קיבלו בלעדיות על הקווים, מהלך שעכשיו מתברר כי סיכן עוד יותר את בטחון הנוסעים הישראלים.