הסכסוך סביב המינויים הדתיים אינו חדש והוא החל עוד בשנת 1985, כאשר הרשויות ביוון החלו למנות מופתים בעצמן. בשנת 1991 הפכה אתונה את שיטת המינויים לקבועה וביטלה את ההוראות שאפשרו בחירות פנימיות. מהלך זה יצר מבנה כפול שבו פועלים במקביל מופתים הממונים על ידי המדינה ומופתים שנבחרו על ידי הקהילה הטורקית.
בתוך כך, הפדרציה האירופית של הטורקים במערב תראקיה קראה לאיחוד האירופי להפגין כלפי יוון את אותה רגישות לזכויות מיעוטים שהוא דורש ממדינות המבקשות להצטרף לארגון. בארגון טוענים כי יוון שוללת את הזהות האתנית של הקהילה ומתעלמת מפסיקותיו של בית הדין האירופי לזכויות אדם במשך יותר מ-18 שנים.