איזנקוט טען כי איבד אמון בראש הממשלה נתניהו והוא נותן את אמונו כעת במערכת הביטחון: "יש קושי להבחין בין האמת לשקר. כל אזרח ישראלי צריך להיות מוטרד אם יש קרע כזה. אם יש איום ישיר ומיידי הם צריכים לראות את הדברים עין בעין. השימוש שראש הממשלה עושה אתמול בהדמיית פצצת גרעין בתל אביב מטרידה מאוד".
כמו כן, אמר: "למיטב ידיעתי, אין שום מידע או איום שמצריך את זה, פרט לרצון של נתניהו להטות את השיח הציבורי לכיוון. לכן, האיום האיראני קיים, לצערי מטרת המלחמה של השמדת היכולת הגרעינית האיראנית לא הושלמה. האיום לא השתנה לפני שלושה או ארבעה חודשים ולא ישתנה בשבוע הבא. יש פה איום איראני מתמשך של עשרות שנים שאנחנו צריכים למנוע כל יכולת גרעין לאיראן. קיום הבחירות מחר באופן תקין זה חלק מהחוסן הלאומי של מדינת ישראל".
בהמשך ביקר את ההתנהלות של ראש הממשלה נתניהו ברמה הביטחונית ערב הבחירות: "זה שראש הממשלה מפרסם הדמיית פצצה גרעינית מעל העיר הגדולה ביותר בישראל מראה על אובדן עשתונות מוחלט. אני לא סומך עליו - אני סומך על הרמטכ"ל", ציין איזנקוט. "אני מאמין חד משמעית לצבא ולא לנתניהו. רק בשבוע שעבר הוא אמר בריאיון לאזרחי ישראל שהוא השמיד את הפצצות הגרעיניות, כמי שבר סמכא בעניין - זה שקר מוחלט, האיום חמור מספיק כדי לא להמציא פצצות גרעיניות. הוא פועל בהיסטריה, רואים את זה בהופעות שלו ורואים את זה במעשים שלו", הוסיף.
התרעות פיקוד העורף