ראש הממשלה הנחה לקיים חקירה מואצת של האירוע ואמר כי "ההצתה המזעזעת של הכנסייה היא התקפה על כולנו. חופש הפולחן בישראל הוא אחד מאבני היסוד של ערכנו והוא מוגן בחוק. נמצה את הדין עם האחראים למעשה הנפשע הזה. לשנאה וחוסר סובלנות אין מקום בחברה שלנו".
מוקדם יותר, שוחח נשיא המדינה, ראובן ריבלין, עם האב גרגורי קולינס, ראש המסדר הבנדיקטיני בישראל, והביע בפניו את צערו על האירוע: "עודכנתי הבוקר בתדהמה ובעצב על השריפה בכנסיית טבחה. זהו הרס נוראי של אתר קדוש ומקום תפילה, ואיום על רקמת החיים במדינתנו".
ריבלין הוסיף: "בישראל חיים אנשים מאמונות שונות שרוצים לחיות יחד בהרמוניה, כבוד וסובלנות. אנו מחויבים כמדינה וחברה להגן על האתרים הקדושים לכל האמונות ולשמרם. אני יכול להבטיח כי רשויות החוק בישראל יחקרו את הפשע הזה ויעשו כל מאמץ להביא את האשמים לדין במהרה".
האב גרגורי הודה לנשיא בחום ובהתרגשות על שיחת הטלפון ואמר: "אנו רואים במעשה התקפה על הדמוקרטיה הישראלית. אנו יודעים שכל ישראלי בר-דעת מתנגד למעשה הנורא הזה, שוודאי בוצע על ידי מיעוט קיצוני". האב גרגורי סיפר לנשיא כי טבחה הוא מאתרי התיירות הפופולאריים בישראל, וכי למעלה מ-5,000 מבקרים פוקדים אותו בכל יום. עוד הוסיף הרב גרגורי כי כעת, לאחר השריפה האתר ייסגר למבקרים לשלושה ימים.
התרעות פיקוד העורף