כמו כן הביע נתניהו צער על עזיבתו של יעלון: "אני מצטער על החלטתו של בוגי יעלון. אני חושב שהוא היה צריך להמשיך להיות שותף מלא בהנהגת המדינה בתפקיד שר החוץ. אני מבקש להודות לו על שנות שירותו בצה"ל ובמערכת הביטחון ומעריך מאוד את שיתוף הפעולה בינינו, לילות כימים, למען ביטחון ישראל - כולל במבצע צוק איתן".
"הצטרפתי לחיים הפוליטיים מתוך שליחות וכדי לפעול לטובת מדינת ישראל, ובעיקר לביצור ביטחונה. בכל מעשיי והחלטותיי ראיתי לנגד עיניי את ביטחון ישראל ואזרחיה, וטובת המדינה עמדה מעל לכול שיקול אחר. כך בנושאים הביטחוניים והמקצועיים, וכך בנושאים הערכיים ושלטון החוק. בתפקידיי, גם בהיותי במדים וגם כשר, ראיתי שליחות, ולא הייתי מוכן להקריב צרכים לאומיים ואת ביטחונם של אזרחי ישראל, לטובת שיקולים פוליטיים או אינטרסים אישיים. עבדתי בהרמוניה ובאופן רציני וענייני ומתוך הערכה עם ראש הממשלה, במשך תקופה ארוכה, בוודאי במהלך "מבצע צוק איתן", ועל כך אני מודה לו", אמר יעלון.
בהמשך דבריו תיאר יעלון את הגורמים לעזיבתו: "לצערי הרב מצאתי עצמי, לאחרונה, במחלוקות קשות בסוגיות ערכיות ומקצועיות עם ראש הממשלה, מספר שרים וכמה מחברי הכנסת. נאבקתי בכול כוחי נגד תופעות של הקצנה, אלימות וגזענות בחברה הישראלית, המאיימות על חוסנה ומחלחלות גם לצה"ל וכבר פוגעות בו. נאבקתי בכל כוחי בניסיונות הפגיעה בבית המשפט העליון ובשופטי ישראל. תהליכים שתוצאתם פוגעת קשות בשלטון החוק ועלולה להיות הרת אסון למדינתנו". בצורה שקטה ותקיפה המשיך יעלון ומתח ביקורת: "לדאבון הלב, פוליטיקאים בכירים במדינה בחרו בדרך של שיסוי והפרדה בין חלקי החברה הישראלית, במקום לאחד ולחבר. בלתי נסבל בעיניי שנהיה מפולגים בינינו מטעמים של ציניות ותאוות שליטה, והבעתי לא אחת את דעתי בנושא, מתוך דאגה כנה לעתידה של החברה בישראל ולעתידם של הדורות הבאים". כמו כן הדגיש יעלון כי הוא לא חוזר בו מהתנהלותו: "אינני מתחרט כהוא זה על עמדותיי המקצועיות והערכיות, גם אם הדבר הביא לסיום תפקידי כשר הביטחון. אני שלם עם דרכי, ולא אסטה ממנה. אני חרד לעתידה של ישראל, ואמשיך במאבק הזה גם הלאה, כי אין לנו ארץ אחרת".
יו"ר המחנה הציוני יצחק הרצוג התייחס גם הוא לדברים ופרסם בפייסבוק שלו תגובה לפרישתו של יעלון: "לפני שלושה ימים היינו אנחנו אלו ששמו קו אדום לניסיון לסגור הסכם ללא חתימה ואמרנו לו עד כאן. אמש אורלי לוי והיום בוגי יעלון, עמיתו לסיירת מטכ"ל, לתנועה ולממשלה שאמר לו - עד כאן. מדינת ישראל זקוקה לממשלה שמונהגת על ידי אנשים אחראיים, שקולים וקרי רוח, בעוד שנתניהו הופך עצמו כעת למזכיר הממשלה של הימין הקיצוני של אביגדור נפתלי סמוטריץ׳.
התרעות פיקוד העורף