בימים האחרונים יצא נתניהו למתקפה לקראת פרסום דוח המבקר, והעביר חומר בתשובה לטיוטת הדוח, בו תיעד דיונים רציפים והנחיות לטיפול במנהרות. נתניהו אף העביר תגובה רשמית לתקשורת בנושא בה נכתב כי "הטענה שישראל לא נערכה מבעוד מועד לאיום המנהרות מופרכת מיסודה. נטען שלפני מבצע 'צוק איתן' לא הוצג איום המנהרות לקבינט, ושהקבינט לא ידע על מנהרות חודרות לשטחנו. זהו שקר. החל מ-26.11.2013 ועד ה-3.7.2014, הוצג איום המנהרות בכל חומרתו בתשע ישיבות קבינט שונות. הפרוטוקולים מוכיחים זאת מעל לכל ספק".
"בנוסף", נכתב בהודעה, "במשך שנה וחצי לפני המבצע, החל מה-16.1.2013 ועד ה-9.7.2014, כינס ראש הממשלה שישה דיונים מקצועיים בנושא המנהרות. בישיבות אלה השתתפו בין השאר שר הביטחון, הרמטכ"ל, אלוף פיקוד דרום, ראשי ענף ההנדסה והטכנולוגיה בצה"ל ומפקדים בשטח. ראש הממשלה נתניהו הנחה בדיונים אלה לקדם פתרונות מבצעיים וטכנולוגיים מול איום המנהרות. ב-3.7.2014, לפני תחילת המבצע ושבועיים לפני הכניסה הקרקעית, ראש הממשלה הנחה את צה"ל להיערך לכניסה קרקעית לנטרול המנהרות. מצער שיש מי שמטעה את הציבור בנושאים ביטחוניים מהותיים כשהעובדות הן חד-משמעיות וידועות היטב לאלו המעוותים אותן."
בעקבות הראיון של לפיד, נמסר מלשכת ראש הממשלה כי "בניגוד מוחלט לטענות לפיד, הסטנוגרמות מראות שבשמונה ישיבות קבינט העלו ראש הממשלה, ראש השב"כ ומפקדי צה״ל את איום המנהרות החוצות גדר לשטחנו. וזאת בדיוק כפי שאומרים שר הביטחון לשעבר וצה"ל. לפיד, שהיה חבר קבינט בזמן המבצע, צריך לדעת שאחריותו של חבר קבינט היא להיות בקיא בחומר שהוצג בפניו".
קרב הגרסאות בין שני הצדדים נמשך, כאשר מאוחר יותר נמסר ממפלגת "יש עתיד" בעקבות הודעת לשכת נתניהו: "אם ראש הממשלה כל כך בטוח בצדקת דרכו, שיתכבד ויזרז את פרסום דוח מבקר המדינה. מגיע למשפחות השכולות, לחיילי צה"ל ולתושבי עוטף עזה לדעת את האמת ולדעת כי ההנהגה ששלחה את בניהם מול פני הסכנה היא הנהגה אחראית שלומדת מטעויות והפקת לקחים, ולא מתחבאת מאחורי הדלפות וסטנוגרמות. ראש הממשלה שוב מנסה להטעות ואין זה מקרה שאף אחד מחברי הקבינט לא יוצא להגנתו".