בתגובה השוו במשרד הביטחון את ההסכם עם איראן להסכם עם הנאצים. "הסכמי מינכן לא מנעו את מלחמת העולם השנייה ואת השואה, בדיוק משום שהנחת הבסיס שלהם, שלפיה גרמניה הנאצית יכולה להיות פרטנר לאיזשהו הסכם, הייתה שגויה ומשום שמנהיגי העולם דאז התעלמו מן הדברים המפורשים של היטלר ושאר מנהיגי גרמניה הנאצית", נכתב.
לטענת משרד הביטחון, "הדברים הללו נכונים גם לגבי איראן, שגם היא מודיעה בפירוש ובריש גלי כי מטרתה היא השמדת מדינת ישראל, ודו"ח מחלקת המדינה האמריקנית שפורסם השנה קבע כי היא נמצאת במקום הראשון כספונסרית של הטרור העולמי".
"לכן, מערכת הביטחון, כמו כל עם ישראל וכמו רבים בעולם, מבינה כי הסכמים מסוג זה שנחתם בין המעצמות לבין איראן אינם מועילים אלא רק מזיקים למאבק בלתי מתפשר שיש לנקוט מול מדינת טרור כמו איראן".
ראש הממשלה בנימין נתניהו ביקש להתנער מדברי שר הביטחון שלו והעביר מסר לשגריר ארה"ב בישראל, דן שפירו, לפיו הודעת משרד הביטחון נמסרה ללא ידיעתו. עוד קודם לכן נמסר מלשכת ראש הממשלה כי "עמדת ישראל בסוגיית ההסכם עם איראן נותרה כשהיתה, אך רה״מ נתניהו מאמין בתוקף שלישראל אין בעלת ברית חשובה יותר מארה״ב".
התרעות פיקוד העורף