החוק קובע כי חוקי עזר בעניין פתיחתם וסגירתם של עסקים בשבת לא ייכנסו לתוקף ללא הסכמתו של שר הפנים. השר יוכל לאשר חוקים כאלה רק אם פתיחת העסקים נדרשת כדי לספק צרכים חיוניים, לפי שיקול דעתו של השר.
חבר הכנסת יאיר לפיד כתב בחשבון הטוויטר שלו בעקבות ההחלטה כי "חוק המרכולים עבר בממשלה. עוד חוק מעליב של כפייה דתית בחסות הדיל הפוליטי של נתניהו עם החרדים. שוב מייצרים פילוג במקום דיון אמיתי על השבת הישראלית, נאבק בחוק בכל הכוח".
יו״ר סיעת ישראל ביתנו, ח״כ רוברט אילטוב, זעם אף הוא על אישור החוק: "מדובר פה בהפרה בוטה של הסטטוס קוו ופגיעה בציבור החילוני המהווה רוב במדינת ישראל. כפי שהודעתי בשבוע שעבר, סיעת 'ישראל ביתנו' תתנגד לחוק במידה ויעלה להצבעה במליאה והשרה סופה לנדבר תצא מהמליאה בזמן ההצבעה".
שר הפנים, אריה דרעי, אמר במהלך הדיון בממשלה כי "אנחנו רוצים לשמור על הסטטוס קוו בכל רחבי הארץ ולמנוע את הפיכת השבת ליום המסחר הלאומי. השבת קדושה לנו יותר, אבל אנחנו לא יכולים לסגור את המרכולים בת"א. אנחנו רק רוצים שמה שהיה הוא שיהיה, ושבעקבות פסיקת בג"ץ בעניין המרכולים בת"א, לא ייפתחו כעת מרכולים בשבת ברחבי הארץ ויתקיים מסחר כמו בפריז, ניו יורק או לונדון".
גורמים בקואליציה טענו לפני ההצבעה כי הצעת החוק הונחה על שולחן הממשלה עוד בסוף השבוע כדי למנוע מישראל ביתנו, המתנגדת להצעה, להגיש נגדה ערר בוועדת השרים לחקיקה - מהלך שהיה מעכב את קידום החוק לתקופה ארוכה.