דבר נוסף שיכול להביא לקורת רוח בירושלים, הוא ההתייחסות לכך שהבדיקה בנוגע לישראל נחשבת עדיין במה שמוגדר בדוח כשלב השני, דבר שבוודאות מרחיק חקירה רשמית אם תיערך, לפחות בשנה. זאת מכיוון שהחלטה סופית בנוגע להעמדה לדין בבית הדין הבינלאומי מצריכה לפחות זמן מה של חקירה ב"שלב חקירה שלישי". מה גם שבדוח עצמו אין כל ציון לבהילות, ובהתחשב בכך שחוקרים מטעם משרד התובעת לא ביקרו באזור בשנה האחרונה, נראה כי אין כתב אישום באופק הישראלי, לפחות לא בשנה הקרובה.
עם זאת, לא הכל בדוח ורוד, והמזכרת האחרונה שהשאיר נשיא ארצות הברית במזרח התיכון, קרי החלטה 2334 שמגדירה את הבניה בהתנחלויות כמנוגדת לדין הבינלאומי, מופיעה ואף מעודדת ביקורת על התנהלות ישראל ביהודה ושומרון. זאת פעם ראשונה זה שנים רבות שהשטחים מוגדרים בדוח ככבושים, ויש בו גינוי "לבניה והרחבת ההתנחלויות, החרמת אדמות, גירוש האוכלוסייה הפלסטינית, והעברת אוכלוסיה ישראלית תחתיה, הריסת בתים ועבירות נוספות על הדין הבינלאומי וההומניטרי".
התרעות פיקוד העורף