ההסכם נחתם בצל הדיווחים השונים על התקררות ביחסי האמירויות וישראל. בחדשות 12 דיווחו כי נשיא איחוד האמירויות מוחמד בן זאיד אמר בשיחה עם גורמים ישראלים כי "עד שלא נוודא שלראש הממשלה נתניהו יש ממשלה שהוא שולט בה, לא נוכל לעשות דברים משותפים".
במשרד ראש הממשלה ובמשרד החוץ מיהרו להכחיש את הדיווח. משרד החוץ מסר: "בניגוד לפרסום, היחסים בין ישראל לאיחוד האמירויות חזקים ואיתנים. עדות לכך היא, בין היתר, ההסכמה שהושגה בימים האחרונים על נוסח הסכם המכס, שיוביל לכניסתו לתוקף של הסכם הסחר החופשי בין המדינות וירחיב את היחסים הכלכליים, המסחריים והמדיניים בין ישראל לאיחוד האמירויות".
גם ראש הממשלה בנימין נתניהו הכחיש: "ישראל ואיחוד האמירויות מקיימות מגיעים מדיניים פוריים בכל התחומים, כולל היום". שגריר ישראל באיחוד האמירויות אמיר חייק צייץ: "משיחות עם מקורות בכירים באבו דאבי, המצויים בפרטי היחסים בין המדינות ומכירים היטב את שני הצדדים, הידיעות פשוט אינן נכונות".
התרעות פיקוד העורף