עוד נמסר מהמשטרה כי במהלך הלילה התרחשו הפרות סדר בין מהגרים לשוטרים בשכונות נויקואלן וקרוייצברג בעיר ובשער ברנדנבורג המפורסם בברלין, שם נפצעו מספר אנשי ביטחון. בעקבות זאת, משטרת ברלין הגבירה את האבטחה על מוסדות יהודיים בברלין וברחבי המדינה.
קנצלר גרמניה, אולף שולץ, גינה בחריפות את הפיגוע בבית הכנסת ואמר: "לעולם לא נכיל פיגועים נגד מוסדות יהודיים". על פי הדיווחים, דגלי ישראל שהונפו לאות הזדהות מול בתי העירייה ברחבי גרמניה נתלשו ונשרפו, ודלתות של מספר מבנים בברלין - בהם מתגוררים יהודים - סומנו במגן דוד.
התרעות פיקוד העורף