עוד דווח כי היו שהתנגדו לבחירתו של משעל בגלל יחסיו ה"פושרים" עם "בעלות הברית", במיוחד איראן וחיזבאללה. היחסים בין משעל לציר זה הידרדרו לאחר יציאתו מסוריה ב-2011, במהלך מחאות "האביב הערבי", ומגוריו בקטאר שתמכה בכוחות המתנגדים למשטר בסוריה.
אחד המקורות תיאר את עזיבתו של משעל מסוריה ואת סירובו להתגורר בפרברים הדרומיים של ביירות (מעוז חיזבאללה) כ"בחירה פוליטית בניגוד למדינות הציר, מה שייצר השפעה שלילית מאוד על יחסיו איתם". לדבריו, "איראן וחיזבאללה ניתקו מאז את יחסיהם עם חאלד משעל, אך הם לא הפסיקו את תמיכתם בחמאס בעזה, מה שיצר קשר חזק בינם לבין הנהגת התנועה בעזה".
גם סינוואר עצמו נכנס לתמונה, לפי מקורות מקורבים לחמאס שהצהירו כי סירב לקבל על עצמו את הנהגתו של חאלד משעל, בשל חילוקי דעות בין השניים שבמרכזם מערכת היחסים עם איראן וקטאר. בנוסף לאופי תפקידו ואורח חייו של המנהיג, שכן סינוואר סבור שמנהיג התנועה חייב להיות אחד מאלה שנלחמו.
חמאס מורכבת משלושה זרועות ברצועת עזה, ביהודה ושומרון ובחו"ל. כל אחד מהענפים הללו מנוהל על ידי הנהגה מבצעת ומחוקקת המתכנסת במועצת שורא כללית אחת ובמשרד מדיני כללי אחד. להנהגת כל אחת מהענפים הללו יש ייצוג שווה בפיקוד המרכזי, אך לזרוע העזתית משקל מדיני גדול יותר בשל גודל יכולותיה.
המקורות ייחסו את הבחירה בסינוואר לשני היבטים: הראשון הוא חומרי המתייחס ליכולותיה הגדולות של התנועה ברצועת עזה והשני הוא מוסרי "מתוך הערכה לעימות שלה". סינואר זוכה לתמיכה רבה מהזרוע הצבאית של חמאס ויש לו מערכת יחסים מובהקת עם מנהיגי ארגוני הטרור הפלסטיניים והציר בראשות איראן.
אולם הבחירה בסינואר לא הייתה חפה מאתגרים, על פי הערכות של גורמים בתנועה עצמה, מנהיגי הרשות הפלסטינית ומומחים הבולטים שבהם טוענים שחלק מראשי התנועה אינם מסתירים את דאגתם מהקשר הגובר של התנועה עם איראן וחיזבאללה, ומביעים את חששם שהדבר יוביל לאובדן תמיכה מצד מדינות כמו קטאר וטורקיה.
יש הסבורים שנוכחותו של סינוואר בראש ארגון הטרור תהפוך אותה ליותר צבאית ופחות פוליטית, במיוחד לאור המלחמה. גורמים רשמיים ברשות הפלסטינית סברו שנוכחותו של סינוואר בראש חמאס תחליש את סיכויי הקונצנזוס המדיני. "ברור שישראל לא תפסיק את המלחמה בהנהגת התנועה בעזה, ולאחר שסינואר יקבל לידיו את ההנהגה הפוליטית של התנועה, היא תיאבק בכל ניסיון לקונצנזוס פלסטיני בניהול רצועת עזה", אמר אחד מהם.
בתוך חמאס קיימות נקודות מחלוקות מרובות במספר נושאים בנוסף ליריבות אישית ופוליטית, אשר חלק מבכירי התנועה רואים בה אינטראקציות רגילות, בעוד שאחרים מאמינים שהן מתישות ומחלישות את הארגון. סינוואר עלול למצוא את עצמו נאלץ לרצות את חאלד משעל כדי לקבל את תמיכתו בכמה החלטות מכריעות הדורשות אישור הלשכה המדינית, כמו הסכם הפסקת אש מקיף עם ישראל או פיוס עם הפת"ח.
גורלו של חמאס קשור במידה רבה לאופן סיום המלחמה ברצועת עזה. אם ישראל תיכשל בניסיונותיה לחסל את סינוואר, היא תחזק את מנהיגותה של התנועה ותחזק את מערכת היחסים של התנועה עם הציר התומך בה באזור. אם יקרה ההפך, רבים מצפים לחזרתה של דמות פרגמטית יותר שתוביל את התנועה, כמו חאלד משעל, מה שעשוי לפתוח דרך לדרך פוליטית אחרת.
התרעות פיקוד העורף