גם הקהילות הנוצריות חוות קשיים. במאי 2024, הממשלה הסבה את כנסיית המושיע הקדוש בחורה מהמאה הרביעית למסגד, בדומה למהלך שנעשה באיה סופיה בשנת 2020. באוגוסט 2024 הושחת בית קברות יווני-אורתודוקסי באיסטנבול, ובמחוז בורסה הורו הרשויות על סגירה זמנית של הכנסייה הנוצרית היחידה הפועלת בעיר, בטענה לסיכוני בטיחות מרעידות אדמה - טענה שמנהיגי הכנסייה חולקים עליה. בנוסף, קהילות פרוטסטנטיות ממשיכות להתמודד עם לחצים משפטיים, ומיסיונרים גורשו מהמדינה תחת סעיף ביטחון לאומי הרואה בפעילותם איום פוטנציאלי.
מיעוטים נוספים סובלים מהתנכלויות. הדוח מתעד שבעה אירועים על רקע שנאה נגד העלווים בשנת 2023 לבדה, כולל חילול מקומות קדושים ותקיפות פיזיות. משפחות יזידיות בדרום-מזרח טורקיה דיווחו על הטרדות וחבלות חוזרות ונשנות בניסיונן להשיב לעצמן אדמות.
האפליה ניכרת גם במערכת החינוך. תוכנית ממשלתית ששמה ÇEDES הכניסה אימאמים ומטיפים כ"יועצים רוחניים" לבתי ספר ציבוריים, ולימודי האסלאם הסוני הורחבו. משרד החינוך אף אסר על חגיגות חג המולד והפסחא בבתי ספר פרטיים, בטענה שהן מתנגשות עם "ערכים לאומיים ותרבותיים".
מבחינה חוקתית, טורקיה מכירה רשמית רק בשלושה מיעוטים לא-מוסלמים - ארמנים, יוונים ויהודים - תחת הסכם לוזאן מ-1923. קבוצות אחרות, כמו פרוטסטנטים וסורים-אשורים, אינן זוכות למעמד משפטי כקהילות דתיות. הדוח מסכם כי אקלים חופש הדת הכולל בטורקיה נותר "שלילי", תוך ציון התמשכות דברי השטנה, חוסר הסובלנות החברתית והמכשולים המנהליים העומדים בפני מיעוטים דתיים.
התרעות פיקוד העורף