כמו כן, בשבוע שעבר אישר ראש הבולשת האמריקאית, ג'יימס קומי, בפני הקונגרס כי נפתחה חקירה בנושא מעורבות רוסיה בבחירות בארה"ב. לדבריו "החקירה תתמקד בקשרים שניהלו לכאורה גורמים בקמפיין טראמפ עם גורמים בממשל הרוסי ובהשפעות שלהם על הקמפיין". באותו דיון הוסיף ראש ה-NSA מייק רוג'רס כי האקרים גנבו מידע ממחשבי המפלגה הדמוקרטית במהלך מערכת הבחירות האחרונה, וכי אין אינדיקציה לכך שמידע נגנב מהרפובליקנים.
כזכור, התפטרותו של פלין באה בעקבות שיחה שקיים פלין עם שגריר רוסיה בארצות הברית, סרגיי קיסליאק, בה הוא הבטיח לשגריר שהממשל החדש יסיר סנקציות שהטיל עליה ממשל אובמה עוד לפני שנכנס לתפקידו, וזאת בניגוד לנהלים.
בנוסף לכך, פלין הואשם כי הוא לא תדרך את סגן הנשיא מייק פנס בשיחה שקיים עם קיסליאק ואף כי שיקר בקשר אליה. התובעת הראשית בממשל אובמה, סאלי ייטס, דיווחה לבית הלבן כי בעקבות השיחה ייתכן ופלין יהיה יעד לניסיונות סחיטה.
במכתב ההתפטרות שהגיש פלין, הוא כתב כי "למרבה הצער, בשל קצב האירועים המהיר, תדרכתי את סגן הנשיא ואחרים במידע חלקי ללא כוונה בנוגע לשיחת הטלפון עם השגריר הרוסי. התנצלתי עמוקות בפני הנשיא וסגנו והם קיבלו אותה". מחליפו הזמני יהיה הגנרל בדימוס קית' קלוג, שהיה נציג הבית הלבן במועצה, וזאת עד שטראמפ יבחר את מחליפו של פלין.
השמועות על קשרים בין יועצים בסביבתו של טראמפ לבין אנשים בממשל רוסיה, כמו גם הטענות שוולדימיר פוטין רצה בבחירתו של טראמפ ואף סייע לו לנצח את יריבתו בבחירות, הילרי קלינטון, החלו עוד במהלך הקמפיין. לאחר בחירתו אף נטען על ידי סוכן ביון בריטי לשעבר כי בידי הממשל במוסקבה קלטת מביכה של טראמפ, שמשמשת לסחיטתו.
התרעות פיקוד העורף