מנכ"ל איגוד הארגונים היהודים באיחוד האירופי, הרב מנחם מרגולין, התייחס לפיגוע הירי בדנמרק ואמר: "על ראשי האיחוד האירופי, ומנהיגי המדינות
להבין כי אנו בעיצומה של מלחמה על הבית תרתי משמע".
בעקבות הירי, אמש בבית הכנסת הגדול בקופנהגן, פנה מנכ"ל איגוד הארגונים היהודים באיחוד האירופי, הרב מנחם מרגולין, בקריאה חריפה לראשי המדינות ומוסדות האיחוד האירופי שלדבריו: "קוברים את הראש בחול, ואינם פועלים למניעת התופעה הן במישור הביטחוני והן במישור החינוכי. אנו דורשים ממשלות אירופה ומוסדות האיחוד לתגבר את האבטחה סביב מוסדות יהודיים. הרב מרגולין המשיך וציין כי: "לצערי ממשלת דנמרק וממשלות נוספות באירופה עדיין לא הפנימו את הצורך לאבטח את כל המוסדות היהודים 24/7. רק בעקבות הפיגוע שקרה מוקדם יותר בבית הקפה, המשטרה שלחה מספר שוטרים לבית הכנסת שהחזירו אש והבריחו את היורה. אך העובדה המצערת היא שאילו לא היה פיגוע בבית הקפה – לא היו שוטרים באזור בית הכנסת, והמאבטח שלא היה חמוש לא היה יכול למנוע לבדו את כניסת המחבל."
התרעות פיקוד העורף