חמאס גינה את הוצאת הפלג הצפוני של התנועה האיסלאמית אל מחוץ לחוק. דובר הארגון, סאמי אבו זוהרי, אמר כי החלטת ישראל "גזענית ונועדה לפגוע בנוכחות הערבים והענשת התנועה האיסלאמית ומניעתה ממילוי תפקידה בהגנה על מסגד אל אקצא, מה שהופך את ההחלטה לתעודת כבוד לתנועה".
ארגון הטרור הפלסטיני קרא לקהילה הבינלאומית "לשאת באחריותה אל מול הגזענות הישראלית, שמוכיחה שוב שהכיבוש הישראלי הוא כנופיית טרור".