בעוד שווריאנט הדלתא ואלה שקדמו לו התאפיינו בתסמינים ייחודיים כמו שיעול מתמשך, חום ואובדן טעם וריח, נראה שהאומיקרון קשה יותר לאבחנה הודות לתסמינים גנריים למדי, שיכולים בקלות להיראות כמו שפעת, צינון או דלקת גרון. אבל דיווחים חדשים מצביעים על תסמין שיכול בכל זאת לייחד את האומיקרון - שלשולים.
המרכז האמריקאי לבקרת מחלות ומניעתן (CDC) התייחס לסימפטום הזה והוסיף אותו לרשימת התסמינים האפשריים (אם כי למען ההוגנות הרשימה הזאת התארכה והתרחבה מאוד וכוללת כמעט כל תסמין מוכר). על פי דיווח ברשת NBC שיקגו, לאנשים עם מערכת חיסונית חלשה או דיכוי חיסוני יש סיכויים גבוהים יותר לחוות שלשולים או תסמינים אחרים שקשורים במערכת העיכול בעקבות הידבקות באומיקרון. הם הוסיפו כי השלשולים מופיעים סמוך למועד ההדבקה, כך שזהו תסמין ראשוני של המחלה. גם מומחי בית החולים ג'ונס הופקינס ציינו שכ-20 אחוזים עשויים לסבול משלשול זמן קצר לאחר הדבקה.
התסמין הזה כמובן אינו בלעדי ומצטרף לתסמינים הנפוצים המדווחים, שכוללים עייפות, קשיי נשימה, כאבי שרירים, כאב ראש וכאב גרון. הרשימה המעודכנת של תסמינים המזוהים עם וריאנט האומיקרון באתר ה-CDC כוללת נכון להיום את התסמינים הבאים:
התרעות פיקוד העורף