פגיעה זו נגרמה החל מחודש מרץ, בו התאפיין האקלים בעננות רבה ובקור יחסי. תנאי אקלים אלו פגעו באופן קשה בגדילת הפרי והביאו להפחתה משמעותית של היבולים בשטחים רבים. נזק זה, הורגש בעיקר באזורים החמים כמו צפון הבקעה ועמק המעיינות, בהם מבשילים ראשוני האבטיחים של העונה. אזורים אלו סיפקו מעט מאוד יבול במהלך חודש מאי.
בקנ"ט מסבירים שהווירוס פוגע במרקם האבטיח ובטעמו. הפרי הופך לקמחי, נראה לא בשל ולעיתים אף נגרמים ליבולים נזקים פנימיים, המתבטאים בצבע לבן של בשר הפרי ובפסים צהובים, המציגים מראה של אבטיח בשל מדי. כל אלו פוסלים את האבטיח משיווק. הנזקים נרשמים עתה בחלקות גידול בכל רחבי הארץ, כמו בעמק הירדן, בגליל התחתון ובחבלים הדרומיים, בעיקר בשטחים שבעוטף עזה.
נוכח הצטברות הנזקים, פעלה הקרן לבצע אמדן של הנזקים כבר בשטחי הגידול, עוד לפני שהאבטיחים נאספים. הסיבה לכך היא שעלות האסיף מגיעה לפעמים ל-2000 שקל לדונם - הוצאה כבדה כשמדובר בגידול חקלאי. בשטחי הגידול לגביהם קיים חשד כי הם פגומים, נעשית בדיקה מדגמית. אם מתגלה כי חלק מהתוצרת פגום ובשל כך מבקש המגדל להשמיד את כל השטח, הוא מקבל פיצוי ונמנעת ממנו ההוצאה הכרוכה באיסוף, השינוע למקומות המכירה ופסילת התוצרת לאחר הגעתה לשווקים, אחרי שעלויות התפעול כבר שולמו.
עונת האבטיחים נמשכת מאמצע אפריל עד חודש אוגוסט. שטחים רבים בארץ טרם הבשילו והחשש הגדול הוא שהנזקים יתגלו רק בהמשך, כשיגיע מועד הקטיף שלהם. בקרן לנזקי טבע מזהירים, כי סוף התפרצות הווירוס אינו נראה באופק והנזק לשטחי המיקשה בישראל עלול להתפתח ולהתרחב לאלפי דונמים.
התרעות פיקוד העורף