כזכור, הרב קנייבסקי אובחן בתחילת חודש אוקטובר כחולה בנגיף. בהודעה מטעם לשכתו נמסר כי הוא נבדק בעקבות שינוי במדדי גופו של הרב בן ה-92, וכי הוא חש בטוב וממשיך בסדרי לימודו כרגיל, תחת השגחה רפואית צמודה. "הציבור מתבקש להתפלל לרפואתו השלמה של רבינו שמריהו יוסף חיים בן פעשא מרים לאוי"ט הרב הציע הבוקר, שילמדו מסכת ברכות, ויאמרו עשרה פרקי תהילים (אנשים ונשים) וזה יהיה לזכות", נמסר עוד.
בהמשך דווח על הידרדרות במצבו, אך בשבועות האחרונים התמונה השתנתה וחל שיפור משמעותי בהרגשתו, עד להחלמה. במהלך תקופת מחלתו קיבל הרב החלטה מעוררת מחלוקת כשקרא לפתוח את תלמודי התורה בתקופת הסגר הכללי, בניגוד להנחיות, אך למחרת חזר בו בעקבות שיחה עם ראש עיריית ירושלים, משה ליאון.
התרעות פיקוד העורף