משרד הבריאות אוסף מידע על תופעות לוואי באופן שיטתי ומצליב אותו עם המידע הנאסף במדינות אחרות בעולם ועם ניסויים קליניים הנערכים בחיסונים. תוצאות המעקב הולמות באופן חד משמעי את קביעת הגופים המדעיים והרפואיים המובילים בעולם: החיסונים הינם בטוחים ויעילים, ותופעות הלוואי נדירות, קלות וחולפות.
מספר התופעות המשמעותיות שנצפו בחיסון השלישי הסתכם ב-19 בלבד מתוך כ-3.2 מיליון מתחסנים בחיסון שלישי, בחלקם עדיין נבדק הקשר לחיסון. זאת, תחת ההנחה שעל אף האיסוף השיטתי על דיווחים קיים תת-דיווח של תופעות קלות במיוחד, אשר לא פוגעות בשגרת החיים ולא מצריכות מעקב רפואי.
אחת התופעות החמורות והנדירות אחריהן מתבצע מעקב היא מיוקרדיטיס, דלקת שריר הלב, בבני נוער. לפי הנתונים המעודכנים, 11 מקרים דווחו בגיל 12-15, מתוך 331,538 מתחסנים במנה ראשונה ו-255,444 מתחסנים במנה השנייה. מדובר בשיעור אפסי ומכאן עולה שמדובר בתופעה נדירה ביותר, וגם היא חולפת לרוב אחרי זמן קצר. כמו כן, חשוב לציין שהסיכון למיוקרדיטיס כתוצאה מקורונה גבוה בהרבה בהשוואה לסיכון כתוצאה מהחיסון.
התרעות פיקוד העורף