בעתירה שהגישו ארבעה ארגונים אזרחיים התבקש בית המשפט להורות על בטלותו של "חוק הסמכת השב"כ" - ולחלופין לבטל את הכרזת הממשלה על הסמכת שב"כ מכווח החוק.
בית המשפט קבע כי "לשם גיבוש הקריטריונים האמורים, תיקבע תקופת התארגנות כך שהמועד האחרון לגיבושן יהא יום 14.3.2021, וכי ממועד זה ואילך, תוגבל בכל מקרה הסמכת השב"כ רק לאותם מקרים שבהם החולה המאומת אינו משתף פעולה בחקירה האפידמיולוגית, בין בכוונת מכוון ובין בשל מגבלות זיכרון או שלא מסר כלל דיווח על מגעים".
בהסבר שפרסם העליון, כתב כי"'תמרורי האזהרה' הברורים שמציב החוק בדמות המנגנונים השונים הכלולים בו, מטרתם למתן את הפגיעה בזכות לפרטיות והתקופה המוגבלת שנקבעה מלכתחילה ביחס למשך תוקפו של החוק".
השופטים התמקדו על כן בבחינת אופן הפעלת שיקול הדעת המנהלי על ידי הממשלה בהחלטותיה על הסמכת השב"כ. הוא הדגיש כי "מאז חקיקת חוק הסמכת השב"כ חלו תמורות ושינויים עובדתיים משמעותיים בתמונת ההתמודדות עם הנגיף, ובכללם שילוש היקף מערך החקירות האפידמיולוגיות האנושיות והתקדמותו של מבצע החיסונים".
ח"כ אלי אבידר מישראל ביתנו, בירך על ההחלטה ובחר לתקוף את הממשלה: "תתבייש הממשלה והקואליציה שנדרשו להחלטת בג"צ כדי להפסיק את הפרת הפרטיות והחירויות של האזרחים, כפי ששום מדינה דמוקרטית בעולם לא העזה לעשות. יתביישו כל השרים, כל חברי הכנסת, שעלו פעם אחר פעם ושיקרו לציבור כשאמרו שטכנולוגיית השב"כ תסייע בהכחדת מגיפת הקורונה"