על פי החוק יש להוציא חשבונית מס תוך 14 יום ממועד ביצוע העסקה, כאשר מועד העסקה נחשב ליום שבו הושלם השירות או נמסר המוצר ללקוח. גם בעסקאות ברטר, שבהן התמורה אינה כספית אלא במוצרים או שירותים אחרים, יש להפיק חשבונית מס. חשוב להביא בחשבון שעוסק פטור אינו רשאי להוציא חשבונית מס, אלא רק חשבונית עסקה או קבלה.
חשבוניות דיגיטליות מאפשרות שליחה ישירה ללקוח באמצעות דואר אלקטרוני, בלי צורך בדואר פיזי, ובעת הפקת החשבוניות יש להקפיד על מספור רציף ועל שמירת עותק מכל חשבונית לתקופה של לפחות שבע שנים כנדרש בחוק.
הפקת חשבוניות באופן ממוחשב מאפשרת גם מעקב יעיל אחר תשלומים ודיווחים לרשויות המס, וזהו אחד היתרונות הבולטים שלה. בכל מקרה, חשוב להקפיד על הפקת חשבוניות בהתאם לדרישות החוק כדי להימנע מקנסות ועונשים.
החשבונית חייבת לכלול גם מספר סידורי ייחודי, תאריך הוצאת החשבונית ותיאור מפורט של העסקה, כולל פירוט המוצרים או השירותים, הכמויות והמחירים. חובה להציג בחשבונית את סכום העסקה לפני מע"מ, שיעור המע"מ, סכום המע"מ והסכום הכולל לתשלום. החשבונית צריכה להיות ערוכה בשפה העברית ובמטבע הישראלי (שקלים), אלא אם התקבל אישור מיוחד לשימוש בשפה או במטבע אחרים.
בתוכנות הנהלת חשבונות המערכת מקצה באופן אוטומטי את המספר הסידורי הבא בתור, ואם העוסק המורשה מבטל חשבונית, עליו לשמור את העותק המקורי ולציין עליו שהחשבונית בוטלה. שמירת רציפות המספור היא הכרחית לצורכי ביקורת של רשויות המס, וחשבוניות שהונפקו עם מספרים כפולים או בסדר שאינו רציף עלולות לעורר חשד ולהוביל לביקורת מעמיקה יותר.
חשוב לוודא גם שהחישובים בחשבונית נכונים, כלומר שסכום המע"מ מחושב כראוי (18% נכון לשנת 2025) וסכום התשלום הכולל תואם לסיכום כל הפריטים. בנוסף, יש לבדוק שהחשבונית מופקת על גבי נייר רשמי של העסק או באמצעות תוכנה מאושרת, ואם זו חשבונית דיגיטלית היא צריכה להיות חתומה בחתימה אלקטרונית אם היא נשלחת באמצעות דואר אלקטרוני.