"כי יהיה בך איש אשר לא יהיה טהור... לא יבוא אל תוך המחנה" (דברים כג, יא). מכאן נלמד האיסור שאין לטמא להיכנס להר הבית. ובלשון ספר החינוך: "ונוהגת מצווה זו אפילו בזמן הזה, כי קדושתן עליהן אפילו כשהם שוממים".

יש בעולמנו ימי קדושה: ימי המעשה, השבת ויום הכיפורים שהוא שבת שבתון. וישנם מקומות של קדושה: ארץ ישראל מקודשת מכל הארצות - "ארץ שכל מצווה הנעשית בה סגולתה רבה בכפליים" (רמב"ן ויקרא יח, כה) - וירושלים קדושה מכל ארץ ישראל. ובירושלים המקודש מכל הוא הר הבית, ובו בית המקדש, העזרה והמזבח.

ובמקום המקדש נעקד יצחק אבינו, שנאמר: "לך אל ארץ המוריה", ובניין המקדש אף הוא היה בהר המוריה, שנאמר: "ויחל שלמה לבנות את בית ה' בהר המוריה". וכותב הרמב"ם: "המקום שבנה שלמה את המזבח הוא המקום שבנה אברהם את המזבח ועקד את בנו, והוא המקום שבנה נח את המזבח כשיצא מהתיבה".

מתחם הר הבית כולו (אשר הכותל הוא שריד קדמון מחומתו החיצונית), היה ועודנו מקום קדוש, וכל זמן קיום המקדש נראו בו נסים גלויים מדי יום. לכן הרשו בני ישראל לעצמם לחטוא, כי בטחו במקדש שיגן עליהם. וכשהנביא הזהירם מפני החורבן, ענו הם: "היכל ה'", כביכול יש להם תעודת ביטוח. הם לא הבינו שבית המקדש הוא רק ביטוי סמלי לשכינת ה' השורה בלבבות, ולא השכילו להבין שאם יגרשו את השכינה מלבם על ידי עוונותיהם - באותה מידה השכינה תסתלק מבית המקדש.

כאשר האויב שלח אש בבית המקדש, יצאה בת קול ואמרה: "בית חרב החרבת", כי החטאים כבר החריבוהו. אך אסור לטעות: למרות שהמקדש נחרב, האיסורים לטמאים להיכנס לרוב שטחי ההר עודם קיימים (כיום לכולנו יש דין של "טמאי מתים", ורק כאשר נזכה לגאולה השלמה ונוכל לעבור את תהליך ההיטהרות המתואר בתורה, תוסר מעלינו טומאה זו).

וכך מסכם הרמב"ם בהלכות בית הבחירה: "אף על פי שהמקדש היום חרב בעוונותינו, חייב אדם במוראו כמו שהיה נהוג בו בבנינו ולא ייכנס במקום שאסור להיכנס... לפי שקדושת המקדש וירושלים - מפני השכינה, ושכינה אינה בטלה. והרי הכתוב אומר 'והשימותי את מקדשיכם' ואמרו חכמים (מגילה כח) אף על פי ששוממים - בקדושתם הם עומדים".

שתי הלכות (ולא עמדות פוליטיות) נוהגות בזמננו לעניין המקדש בהיותנו טמאי מתים: ראשית, אסור באיסור חמור להיכנס לתחומי הר הבית, הואיל ובקדושתו עומד. והאיסור השני הוא "מורא מקדש". בזמננו הואיל ואסור לעלות להר, אינו נוהג מלבד הדין של "לא יקל ראשו כנגד שער המזרח", והעולים להר הזיתים ומשקיפים על הר הבית חייבים לנהוג בכובד ראש לנוכח מקום המקדש.