פרשתינו מלמדת על השכר הגדול שפנחס קיבל בגין קנאותו לכבוד ה' וכבוד עם ישראל. הוא סיכן את נפשו כשהרג את נשיא שבט שמעון שחטא בפרהסיה עם בת מלך מואב ובכך עצר את המגיפה שכילתה עשרות אלפים מעם ישראל. ובמשך כל הדורות מאז עמלו פרשני המקרא וחז"ל להעמיק בסוגיית הקנאות, מתי היא מותרת? מתי היא רצויה? מי מוסמך לנקוט בדרך זו ומי לא הגיע למדרגה המתירה לו לנקוט בדרך הקנאות?.
אך בפרשתנו מסתתרת סוגיה נוספת אף היא חשובה וגורלית לעתיד עם ישראל והיא סוגיית מינוי המנהיג הראוי להנהיג את העם בעת סער ובעת שיגרה. ובסוגייה זו מוצאים אנו דברי המנהיג משה רבנו שלכאורה סותרים אלו את אלו אך בעומקם של דברים אינם סותרים כלל.
בפרשתנו מסופר שמשה רבנו לא ניצל את רגעיו האחרונים כדי לבקש מה' שיכניס אותו לארץ ישראל אלא ניצל רגעי חסד אלו לבקש מהקב"ה שימנה לעם ישראל מנהיג מתאים שיירש את מקומו, ובלשונות של משה רבינו: "יפקוד ה' אלוקי הרוחות איש על העדה". מבארים חז"ל (מדרש אגדה פנחס כ"ז): "כיון ששמע משה שימות התחיל לבקש רחמים על ישראל שיתן להם רועה שיהיה לו רוח לסובלם... אשר יצא לפניהם במדבר ואשר יבוא לפניהם לעשות כל צרכם".
אין לו כל נגיעות אישיות. רק טובת כלל ישראל עומדת לנגד עיניו. אך מאידך ישנו מדרש תמוה (מדרש רבה כא,יד) העומד בסתירה לדברינו הנ"ל. "אמר משה הרי השעה שאתבע את צרכי...בדין שירשו בניי את כבודי (כלומר שירשו בניי את ההנהגה) אמר לו הקב"ה בניך ישבו להם ולא עסקו בתורה!! יהושוע הוא היה משכים ומעריב בבית הועד שלך, הוא היה מסדר את הספסלים וכו' הואיל והוא שרתך בכל כוחו כדאי הוא שישמש את ישראל, קח לך את יהושוע בן נון לקיים מה שנאמר -נוצר תאנה יאכל פריה".
והתמיהה גדולה. האם משה ביקש למנות על ישראל מנהיגים שלא עסקו בתורה בגלל שהיו בניו? אלא, מסביר הרב יוסף שלום אלישיב זצ"ל (דיין בביה"ד הגדול בירושלים, מגדולי התורה ו"פוסק הדור". ליטא 1910 – ירושלים 2021), כאשר ביקש משה איצטלה לבניו ודאי ראויים היו מבחינת גדלותם בתורה אחרת לא היה מבקש זאת. ומלבד זאת למדו מאביהם פרק בהלכות מנהיגות ומידת הסבלנות הדרושה למנהיג אבל השיב לו הקב"ה "בניך ישבו להם ולא עסקו בתורה עם אחרים ואילו יהושוע העמיד ספסלים ופעל למען אחרים". לכן אמר הקב"ה למשה שבניו אמנם עסקו בתורה והיו גדולי תורה לא פחות מיהושוע אך הם ישבו להם ולא היו מעורים כיהושוע בקרב העם ולכן לא היו ראויים להנהגה.
קיבל משה ושמח בליבו כי כל המלמד תורה את בן חברו כאילו ילדו וגם יהושוע היה כבנו המושלם.
מעלה נוספת היתה ליהושוע ולכן מונה למנהיג ולא פנחס שעצר את המגפה. פנחס היה מנהיג לשעה. פנחס ברגע של קנאות לשם שמים הציל את עם ישראל אך משה חיפש וביקש מנהיג לאורך ימים ולא רק לרגע של התעלות אלא כזה שיוכל להנהיג בנחת בחיי היומיום בינות לבעיות שבכל רגע יכולות להפתיע את המנהיג והוא בנחת רוח יוכל לפותרם. לאלו יהושוע היה עדיף מפנחס שנבחר אמנם לכהונת עולם אך לא למנהיג.