בית המשפט העליון בראשות הנשיא דאז פרופ' אהרן ברק התייחס לאזרחים שמשתתפים במלחמה כל זמן שהם פועלים במסגרת ארגון שעניינו לוחמנות (ולעניין זה, ארגוני הטרור הם כאלה). בפסק דין שניתן בדצמבר 2006 הוא קבע: "אין לקבוע מראש כי כל סיכול ממוקד הוא אסור, כשם שאין לקבוע מראש כי הוא מותר", ועוד קבע בית המשפט שאזרחים הפעילים בארגוני טרור אינם לוחמים במובן אמנת ז'נווה, אך גם אינם נהנים מההגנה שהחוק הבינלאומי נותן לאזרחים.
אזרח שהפגין מול ביתו של אהרן ברק: "העיפו לי סטירה, וגם את המשרוקית"
מול אלפי מפגינים שהביעו תמיכה: אהרן ברק בכה לשירת התקווה | צפו
"לא צריך לייצג": אהרן ברק מסביר למה אין מרוקאים בבית המשפט העליון
מדובר בפסק דין תקדימי ראשון מסוגו בעולם, שמהווה עד היום מדריך לכל צבאות העולם בנושא הדרך החוקית לביצוע סיכול ממוקד לפי כללי המשפט הבינלאומי.
דווקא בית המשפט העליון, שאת כוחו מבקשת הממשלה הזו להגביל ולרסן, הוא שנתן, ונותן עד כה, את הלגיטימציה המשפטית, הערכית והמוסרית לסיכולים הממוקדים שכה חשובים וחיוניים לביטחונם של אזרחי מדינת ישראל. אהרן ברק הוא שלמעשה מנע ומונע את העמדתם לדין בינלאומי של מבצעי הסיכולים הממוקדים.
בנוסף קבע בית המשפט תנאים לביצוע הסיכול הממוקד המבוססים על עקרון המידתיות. יש לבצע סיכול רק אם אין אמצעי מידתי אחר של מעצר, ובזמן פעולת הסיכול אין לגרום נזק בלתי מידתי לאזרחים בלתי מעורבים. כלומר, בית המשפט לא אסר מראש פגיעה באזרחים בלתי מעורבים, אלא קבע שיש לשקול את התועלת הביטחונית אל מול הנזק האגבי לאזרחים בלתי מעורבים, וניתן להתיר רק נזק אגבי מידתי של פגיעה בבלתי מעורבים.