מעצרם של ארבעת המחבלים הראשונים, בהם זכריא זביידי ואדריכל הבריחה מחמוד עארדה, התבצע בשטח ישראל, מבלי שהנמלטים קיבלו סיוע משמעותי מערביי ישראל. העובדה כי נתפסו כשהם לא חמושים ומותשים עמעמה במידת רבה את תחושת ההישג והסמליות, שבחמאס ובג'יהאד האסלאמי ביקשו לנכס לעצמם סביב נרטיב בריחת האסירים, והאפשרות שמתוך האירוע הזה תתרחש הסלמה גם ביהודה ושומרון.
אסור שהעבודה היעילה של מערכת הביטחון על כל זרועותיה בלכידת ששת המחבלים תעמעם את הכשלים הכבדים והריקבון הארגוני בשב"ס. רבים מהמחדלים היו ככתובת גלויה על הקיר, ולמרות זאת איש לא אמד את פוטנציאל הנזק הביטחוני למדינת ישראל מאופן ההתנהלות בבתי הכלא הביטחוניים.
ועדת הבדיקה שמינה השר לביטחון הפנים עמר בר־לב חייבת להפוך כל אבן בבדיקת התנהלות השב"ס, ואסור שהבדיקה תיעצר בכותלי כלא גלבוע בלבד. החלטות מערכתיות שהתקבלו על ידי בכירי הארגון, ובהם הנציבה קטי פרי; אי־מימוש מסקנות הוועדה שדנה בסוגיית התנאים וחופש הפעולה של האסירים הביטחוניים בכלא; ההחלטה לפזר את האסירים הכבדים של האגף השמור בכלא שטה הסמוך לגלבוע; אי־הפעלת מערכות חסמי הסלולר כחלק מתפיסה של רצון לשמור על שקט תעשייתי באגפים הביטחוניים; וכמובן הטענות הקשות למינויים פוליטיים ולא ענייניים שבוצעו בצמרת הארגון. מתוך האירוע הקשה ניתנה בידיו של השר בר־לב הזדמנות, אולי חד־פעמית, להוביל לרפורמה דרמטית בארגון שבמשך שנים ארוכות הוזנח ולא טופל כראוי.
התרעות פיקוד העורף