לישראל אין עניין לראות את יורשי אל-קעידה משתלטים על סוריה. עם נפילת משטר אסד, האתגר האסטרטגי של ישראל הוא למנוע היווצרות ואקום שלטוני שעלול להיתפס על ידי גורמי טרור קיצוניים. השאלה המרכזית היא כיצד להתמודד עם המציאות החדשה בסוריה, ומהם קווי האדום שחצייתם תחייב התערבות ישראלית. עד כה, בשל עיסוק בסוגיות פנימיות כמו סגירת התאגיד, פיטורי היועמ"שית ו"חוק פלדשטיין", טרם התקיים דיון אסטרטגי מעמיק בנושא.