באותה נקודת זמן הוא היה באופוזיציה. בהמשך הצטרפה ישראל ביתנו לקואליציה, אך אילטוב לא התפטר מהוועדה. מאז, למעשה, יש בוועדה חברי כנסת רק מסיעות הקואליציה. הוגש בג"ץ שביקש לטענת העותרים, לאלץ את אילטוב לפרוש מהוועדה, ולאפשר מינוי חבר כנסת מהאופוזיציה במקומו. בית המשפט העליון דחה את העתירה מחמת שיהוי, אך דן לעומק בפרקטיקה הנוהגת בכנסת שלפיה נבחר נציג מסיעת אופוזיציה לחברוּת בוועדה לבחירת שופטים.
השופט ניל הנדל הרחיב את היריעה על אודות היסוד הנורמטיבי של המנהג החוקתי, וקבע כי בחירת נציג אופוזיציה לוועדה ראויה היא. לעמדת בית המשפט, נציג אופוזיציה בוועדה משרת עקרונות חוקתיים של השיטה, המכירים בעקרון הייצוג היחסי וזכות ההשתתפות של המיעוט בהליכי קבלת ההחלטות.
עוד הודגש כי "המאפיינים הייחודיים של הרשות השופטת – עצמאות ואי־תלות, חובת האחריותיות ועקרון השיקוף – משווים לייצוג המיעוט בוועדה לבחירת שופטים ערך מוסף ייחודי בעל חשיבות רבה". בסופו של דבר, בית המשפט לא הכריע בדבר תוקפו של הנוהג החוקתי, וכאמור דחה את העתירה על בסיס שיהוי. עוד קבע השופט הנדל כי "העותרים מבקשים כי נכריע לראשונה במעמדו של המנהג החוקתי בישראל. הם מעוניינים כי ייקבע שבענייננו קיים מנהג כזה, תוך הרחבת המנהג באמצעות פרשנות למקרים שבהם מעולם לא הוחל. לכן אין מקום לקבל את העתירה במתכונתה הנוכחית".
השופטים קבעו כי במישור המשפט הרצוי יש חשיבות לבחירתו של נציג מהאופוזיציה בוועדה לבחירת שופטים, אך כי אין עילה משפטית מכוח מנהג חוקתי לא כתוב להורות על כך במישור המשפט המצוי. השופט יצחק עמית הסביר בהחלטתו: "קשה להצביע על פרקטיקה עקבית ואחידה לאורך עשרות שנים, כך שאין לפנינו נוהג חוקתי ששורשיו עמוקים עד כדי כך שהפך למוסכמה חוקתית שאיננה ניתנת לעקירה". הוא פירט כי הפרקטיקה של בחירת חבר כנסת מן האופוזיציה החלה בכנסת ה־13 ונמשכה עד הכנסת ה־17.
לידיעת השרים יריב לוין, בצלאל סמוטריץ' ואיתמר בן גביר. בג"ץ, גם כשהוא מוצדק כמו הפעם, לא ממהר להתערב בהחלטות הכנסת, וזאת בניגוד למה שנטען על ידי תומכי הרפורמה המשפטית, המרבים לתקוף את בג"ץ בשל התערבותו כביכול בהחלטות הכנסת ובחקיקה. במרבית המקרים הוא מעדיף שלא להתערב בשיקולים פוליטיים של הכנסת, ולא לשנות את דעתה.
התרעות פיקוד העורף