תיקון החוק מציין איסור על "השבתה לשם השגת מטרה שאין לה קשר לתנאי שכר, העסקה, מחקר או הוראה או למעמדם של המוסדות האקדמיים". החוק קובע כי מוסד אקדמי מוכר שהמדינה משתתפת בתקציבו לא ישתתף בהשבתה פוליטית, וכי אם יעשה זאת - שר החינוך רשאי להפחית מהתקצוב שהמדינה מעבירה למוסד.
הצעת החוק אינה מתייחסת לעובדה שראשי האוניברסיטאות אמונים גם על החופש האקדמי וחופש הבעת הדעה בקמפוסים, הנתפסים כחלק מרכזי במערכת דמוקרטית.
לדבריהם: "פגיעה בעצמאות האקדמית תערער את יסודות הביטחון הלאומי, תפגע בחוסן הכלכלי ותוביל לבידוד בינלאומי של המדע הישראלי".
עוד הדגישו נשיאי המוסדות כי "המדע הישראלי הוא נכס לאומי, לא זירה לוויכוח פוליטי", וציינו כי העליונות הטכנולוגית של צה"ל והצלחת ענף ההייטק נשענות על מחקר חופשי. לדבריהם, "הצעת החוק המונחת על השולחן מעוררת דאגה אמיתית מפני בריחת מוחות ופגיעה באמון המערב במצוינות הישראלית - נזק שיורגש בביטחון ובכלכלה למשך עשורים קדימה".
בהמשך נטען כי שר החינוך קיש משתמש בעיתוי הנוכחי לקידום המהלך על רקע פוליטי. לדבריו, "האוניברסיטאות לא שייכות לנשיאים שעומדים בראשן. במשך שנים האקדמיה הישראלית איבדה את אמון הציבור כי החליטה לבחור צד... הציבור הציוני-דתי, הציבור המסורתי, הציבור הימני והציבור מהפריפריה הרגישו שהמוסדות הציבוריים האלה אינם שלהם".
עוד הוסיף: "אני בטוח שלרוב הציבור נמאס מכך והיה רוצה הפרדה בין הפוליטיקה לבין הלימודים האקדמיים. זאת לא דרישה מוגזמת, זה הדבר הבסיסי ביותר. ואני, כשר חינוך, אעמוד מאחורי הדרישה הזו".
נזכיר כי קיש, מתוקף תפקידו כשר החינוך וכיו"ר המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג), פועל לקידום שינויים במבנה המועצה ובהיקף עצמאות המוסדות האקדמיים, כולל הצעות נוספות הנוגעות להרכב המועצה ולסמכויותיה.