מיד עם ההגעה יועבר לבית החולים המידע הרפואי שנאסף במהלך הפינוי והבדיקות הראשוניות. כל פעולה רפואית תתועד במערכת המידע הלאומית ATD תחת סיווג "חירום – אחר", כך שרק הגורמים המטפלים יוכלו לצפות במידע. הדגש המרכזי הוא שמירה על פרטיות מלאה של השב ומשפחתו.
כל שב יקבל מעטפת טיפולית רחבה הכוללת רופא אחראי, אחיות קבועות, דיאטנית, פסיכולוג, פסיכיאטר, עובד סוציאלי ורופא משפטי שיתעד ממצאים הנוגעים לתקופת השבי, כדי לשמש במידת הצורך להליכים עתידיים.
הפרוטוקול מתמקד בשתי תופעות רפואיות עיקריות שנצפו בשובים קודמים: פקקת ורידים עמוקה ותסמונת האכלה מחדש. לאחר חודשים של חוסר תנועה ותזונה דלה, קיים סיכון גבוה להיווצרות קרישי דם ולשיבושים בחילוף החומרים. לכן נדרש הצוות לבצע בדיקות ייעודיות לזיהוי מוקדם של קרישים, הפרעות קרישה וחסרים תזונתיים חמורים.
בנוסף, כל שב יעבור הערכה תזונתית מקיפה הכוללת מדידות מסת שריר, רמות ויטמינים ומינרלים, שומנים בדם ובדיקות לזיהוי תת־תזונה. תכנית ההזנה מותאמת אישית ומלווה בהסבר למשפחה על הסכנה שבהזנה מהירה מדי, שעלולה לגרום נזק רב־מערכתי.
בתוך 24 שעות מהקליטה תתבצע הערכה פסיכיאטרית ראשונית לזיהוי תסמיני חרדה, הלם או פוסט טראומה. פסיכיאטר יוביל את הטיפול הנפשי בשיתוף פסיכולוג קליני ועובדת סוציאלית שתלווה גם את המשפחה. במקרים חריגים תינתן התערבות מיידית כבר בשלב האשפוז הראשוני.
כדי להבטיח רצף טיפולי לאחר השחרור, נקבע כי עוד במהלך האשפוז תיכנס לתמונה אחות קשר מטעם קופת החולים, שתתאם את המשך המעקב במרפאות הקהילה או בבית החולים לפי רצון המטופל. בנוסף, תישקלנה בדיקות נוספות ובהן אולטרה־סאונד של ורידי הרגליים ובדיקות לזיהוי מחלות זיהומיות, לצד בדיקות ראייה, שמיעה ושיניים.
התרעות פיקוד העורף