כ-60.8% מהתוכניות שהתקבלו במוסדות התכנון בישראל מאז שנת 2016 היו תכניות נקודתיות, אף שתרומתן למשק הדיור הייתה קטנה יחסית, כך עולה מדו"ח מבקר המדינה. מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן מתריע, כי שיעורן הגבוה של התוכניות הנקודתיות מטיל מעמסה ניכרת על הוועדות לתכנון ולבנייה.
מהביקורת עולה, כי בכלל הוועדות המקומיות לתכנון ובנייה, פרק הזמן הממוצע הנדרש להליך התכנון של התוכניות הנקודתיות שמציעות שינוי משמעותי ארוך בכ-60 ימים מפרק הזמן הממוצע הנדרש להליך התכנון של תכניות שאינן מציעות שינוי משמעותי (כ-421 לעומת כ-361 ימים).
שיעורן הגבוה של התוכניות הנקודתיות מטיל מעמסה ניכרת על עבודת הוועדות בשני הדרגים - המקומי והמחוזי, דבר העלול לפגוע ביעילות תפקוד הוועדות וביכולתן להעניק שירות איכותי לציבור ולקדם מהלכים תכנוניים נרחבים וכוללניים יותר, ובעקיפין אף להגביר את חשיפת מוסדות התכנון ללחצים או לפניות מיותרות מצד בעלי עניין, משום שכל תוכנית מעין זו נדרשת לעבור את כל ההליך התכנוני. הטיפול בתוכניות נקודתיות המציעות שינוי משמעותי מביא להתמשכות הליכי התכנון, בעיקר בוועדות.
עוד נטען, כי כי מנהל התכנון לא קבע נהלים לגבי קבלת שירות ממוסדות התכנון באמצעות מייצגים ("מאכערים") ובדבר מגבלות שיש להחיל על עובדי מוסדות התכנון בעבודה מול מייצגים, על מנת למנוע העדפות, משוא פנים ואי-שוויוניות במתן השירות ובקבלתו.