בתשובה לעתירה שהוגשה לבית המשפט, נכתב כי האיסור על הכנסת החמץ במהלך החג הוא נוהל שלא נקבע בדרישה של משרד הבריאות מהמוסדות הרפואיים, אלא נוהג הוטל על ידי מרבית בתי החולים בארץ בעקבות דרישה שמקורה ברבנות הראשית.
העליון קבע בדעת רוב, בראשות השופט פוגלמן וגרוסקופף, כי האיסור הגורף פוגע בזכויות היסוד של חופש הפרט לחופש מדת. בנוסף נקבע כי ההוראה פוגעת בכבוד המטופלים ובהכרה בזכותם להגדרה עצמית ולמימוש בחירותיהם. לעומתם, סבר השופט הנדל, בדעת מיעוט, כי ההחלטה בנושא מאתגרת, היותר ומדובר בבעיה חברתית, המצריכה, לטענתו, פתרון שאינו משפטי.
עוד הוסיפו בקביעתם כי על פי המגבלות הקבועות בחוק, המאבטחים בתחומי בתי החולים לא רשאים לחפש מזון בכלים של המבקרים או להגביל את תנועתם החופשית במוסד בשל החזקת מזון. כמו כן, הם אינם מורשים להסב את תשומת לבם או להעיר להם על הכנסת החמץ.
בתגובה לפסק הדין שנתן בג״ץ, מסרה עו״ד סאוסן זהר מעדאלה, מהמרכז המשפטי לזכויות המיעוט הערבי בישראל, אשר עתר נגד מדיניות זו: ״החלטת בג״ץ היום מביאה סוף לנוהג המשפיל שביזה את החולים, העובדים והמבקרים בבתי החולים אשר אינם שומרים על חוקי הכשרות. אנו מברכים על הפסיקה שקובעת בבירור, כי לא ניתן לכפות על הציבור חוקי דת ובוודאי שאין לבתי החולים כל סמכות להפעיל את מאבטחי בית החולים לצורך כך. הצורך לאפשר לציבור שומר מסורת לקיים את אמונותיו אינו יכול לגבור על החירויות הבסיסיות לא של הציבור הערבי ולא של אף אדם אחר".