מנהלת הגמלאות לא בדקה עד תום את המידע שהועבר אליה על ידי המוסד לביטוח לאומי, אודות הכנסות נוספות של גמלאים המקבלים פנסיה תקציבית. כך נטען בדוח הביקורת על מערך הגמלאות של עובדי המדינה. למרות המידע, המנהלת לא בדקה אם יש צורך בהקטנת הקצבה. עוד נטען בדוח, כי מינהלת הגמלאות אינה מנכה מס מרבי בהתאם לתקנות מס הכנסה מקצבתם של גמלאים שלא הגישו טופס 101 וזאת, למרות שנדרשו לעשות זאת.
תחשיב שערך צוות הביקורת העלה כי מקצבתם של 950 גמלאים שלא המציאו טופס 101 והיו בעלי מקור הכנסה נוסף בשנת 2017 נדרש היה לנכות מס מרבי בסך כולל של 30 מיליון שקל, אבל בפועל נוכו שישה מיליוני שקלים בלבד. בשנת 2019 החלה מינהלת הגמלאות בתהליך מעבר לספק חדש של מערכת שכר. בבדיקה שערכה מינהלת הגמלאות בתהליך המעבר, נמצא כי שילמה ל-29,877 גמלאים קצבאות ביתר בסך של 287,835 שקל בממוצע בכל חודש, ול-76,102 גמלאים שילמה קצבאות בחסר בסך של 259,018 שקל בכל חודש. כמו כן התגלו טעויות במיסוי הגמלאות, כאשר נמצאו 29 גמלאים ושארים שקיבלו קצבאות פרישה או קצבאות שאירים ונוכה להם מס בחסר בסך של 700 אלף שקל.
עוד נטען, כי מינהלת הגמלאות המשיכה לשלם קצבת פרישה ל-177 גמלאים ושאירים ששהו בחו"ל ולא המציאו אישורי חיים. רק לאחר סיום הביקורת מינהלת הגמלאות הפסיקה תשלום קצבאות ל-123 מהגמלאים והשאירים.
בביקורת נכתב עוד, כי בשנת 2015 פנתה מינהלת הגמלאות ליותר מ-14 אלף אלמנות ואלמנים המקבלים קצבת שארים וביקשה מהם להצהיר אם הם חיים עם בן או בת זוג כידועים בציבור. אולם, רק 70 שארים השיבו לפניית מינהלת הגמלאות.