בביקורת עלה כי רכישת גז מספקים אחרים על ידי חברת החשמל בעקבות הסכם "לוויתן" נתקל בבעיה לאחר שרשות התחרות לא העבירה התייחסות באם ההסכם בין חברת החשמל לשותפות "לוויתן" הוא בבחינת הסדר כובל אסור שיש בו משום פגיעה בחוק התחרות, או שאינו עומד בתנאים שנקבעו במתווה. לפיכך ההסכם בין חברת החשמל ל"לוויתן" נכנס לתוקף.
חלק המדינה בהכנסות מתגליות הגז
בדצמבר 2018 השלים הצוות בראשות מנכ"ל משרד האנרגייה את בחינת ההתפתחויות שחלו במשק הגז הישראלי במהלך חמש השנים, מאז קבלת החלטת הממשלה, וערך בחינה מחודשת לגבי ההיצע והביקוש לגז טבעי, כולל משאבים, עתודות ותמונת מצב עכשווית ועתידית של פיתוח מאגרי הגז הטבעי. עם זאת, לא נמצא כי הצוות בחן התפתחויות בעולם בשנים שחלפו בנושא מיסוי ולא בחן את מיקומה של מדינת ישראל בעניין זה בהשוואה לקיים במדינות האזור בפרט ובעולם בכלל.
הטיפול במיזמים ברשות המיסים
פקיד השומה למפעלים גדולים עוסק בחוק מיסוי רווחי טבע, בודק סוגיות רוחביות במיזם הגז וכו'. לעתים הסוגיות הרוחביות משפיעות על שומת מס ההכנסה של כל מחזיקי הזכויות במיזם הנבדק ובמיזמים האחרים. הפרדת מחזיקי הזכויות במאגרי גז בין פקידי שומה שונים דורשת משאבים נוספים בהדרכה, בהנחיה ובהעברת ממצאים. עלה כי לפקיד השומה קובצו כל מחזיקי הזכויות במאגרים "לוויתן", "כריש" ו"תנין", אך לא קובצו כל מחזיקי הזכויות במאגר "תמר" וכי אחד ממחזיקי הזכויות נישום לגבי מיסוי ההכנסה שלו בפקיד שומה חיפה.
קרן העושר?
תחזית ההכנסות בקרן העושר למול התחזית שנמסרה ב-2013 ע"י נגיד בנק ישראל דאז, לתחילת פעילות קרן העושר ב-2018 (לאחר הצטברות של מיליארד ש"ח) ולתחזית לפיה עד תום 2022 יצטברו בקרן כ-3.9 מיליארדי דולרים, בפועל נצברו בקרן נכון ליוני 2021, 741 מיליון ש"ח (לעומת התחזית בנק ישראל שנמסרה בשנת 2013 ולפיה צפויים להצטבר כ-1.7 מיליארד ש"ח עד תום שנת 2020).
מבקר המדינה אנגלמן ציין בדוח כי בתקופת הביקורת בהתאם לעקרונות שנקבעו במתווה הגז עדיין ישנם החזקות צולבות בין מחזיקי הזכויות במאגרי הגז ויש מפעיל אחד לשני המאגרים, מה שעלול להביא לכדי חשש לפגיעה בסעיפי חוק התחרות שלא קיבלו פטור במסגרת מתווה הגז.