מהחפירות עולה, כי כחלק מההכנות של היהודים למאבק בשלטון הרומי, הן במרד הגדול והן במרד בר כוכבא, הסבו תושבי היישוב חוקוק את בורות המים שנחצבו עוד בתקופת בית המקדש השני למערכות מסתור. בנוסף – במצוקתם, הם ביטלו מקווה טהרה, ובמקומו - חצבו מערכת מסתור מסועפת, שאפשרה התניידות בטוחה מתחת לבתים, בתוך מחילות מפותלות, צרות ונמוכות במיוחד.
במערכת תת-קרקעית זו, אשר הינה הגדולה והמרשימה שהתגלתה בגליל, כשמונה חללי מסתור, ומחילותיה נפתלות בעלות זוויות של תשעים מעלות (על מנת להקשות על האויב הרומאי החמוש בציוד כבד, במרדף אחר הנמלטים). בחפירות התגלו מאות שברי כלי חרס וזכוכית, טבעת מרשימה במיוחד שעוטרה בגמה (אבן חן שהוצמדה לטבעת אך לא נמצאה) של אישה או נערה שנראה שנשמטה מידה, וממצאים נוספים שמספקים הצצה לרגעים הדרמטיים מהמאה ה-2 לספירה.
מטרת החפירה הארכיאולוגית שיזמה רשות העתיקות בחוקוק, במימון משרד המורשת ובשיתוף פעולה עם המכללה האקדמית צפת וקרן קיימת לישראל, היא לחשוף את ההיסטוריה העשירה של האתר תוך שיתוף דור העתיד בגילוי עברו, ובסוף - להנגיש את האתר לציבור. מערכת המסתור המשוכללת שנחפרת , היא אחד מאתרי המורשת החשובים שיפותחו בגליל, שיחשפו בפני הקהל הרחב את שיטות ההגנה של היהודים בתקופה זו.
התרעות פיקוד העורף