הפחד דבק בשמו של הגן עוד שנים רבות, והאירוע הפלילי האחרון שנחרט בזיכרון התרחש לפני כשנתיים, כאשר דרת רחוב נרצחה בבית העלמין המוסלמי הסמוך לגן.
רק בשנות ה־90 ובתחילת שנות ה־2000 החלו עבודות השיקום שהחזירו את החיים לגן. ב־2009 נחנך מחדש החלק הצפוני, רחב הידיים, שהחזיר את הנוף לים אל מרכז הבמה.
במובן מסוים, גן העצמאות מספר את הסיפור של תל אביב עצמה עיר שבנתה עצמה על הריסות, שילבה ישן וחדש, ידעה הזנחה ושיקום, חוותה גם תקופות של פחד ופשע, ובמקביל נטמעה גם בספרות ובדמיון הקולקטיבי ובסוף הצליחה לייצר פינה שבה העיר והים מתחבקים. מקום שהוא גם היסטוריה וגם הווה, גם שקט וגם חיים.
התרעות פיקוד העורף