השר מותח ביקורת על מחלקת החנינות וקובע כי "עמדת מחלקת החנינות בשאלת הסמכות שגויה משפטית ועובדתית", וכן כי "אין בידיהם את הכלים להעריך ולשקול את הנימוקים הנוגעים להיבטים לבר־משפטיים, חברתיים, מדיניים, ביטחוניים ולאומיים". בנוסף נכתב כי "אין עיגון נורמטיבי לקביעה שלפיה הודאה מהווה תנאי הכרחי להפעלת הסמכות".
עוד נמתחת ביקורת על התנהלותה של היועצת המשפטית לממשלה במסגרת משפט נתניהו והחלטתה שלא להקפיא הליכים, כאשר נכתב כי מדובר ב"התנהלותה השערורייתית של היועצת המשפטית לממשלה", וכי "היועצת המשפטית לממשלה התעלמה מתחינת בית המשפט לשקול את טובת העניין והמדינה". עוד צוין כי "במשך שלושה וחצי חודשים לא נתקבלה כל התייחסות מטעם הפרקליטות לפניות מחלקת החנינות".
בסיום קובע השר כי "בקשת החנינה מטעם ראש הממשלה נשענת על שלושה עמודים, אשר משקלם המצטבר מחייב את הפעלת סמכות הנשיא", ובהם "הצורך לאפשר לראש הממשלה למלא את תפקידו", "תרומתו הציבורית של ראש הממשלה" ו"הצורך לאחות את הקרע בעם ולשקם את אמון הציבור". עוד נכתב כי "הפעלת החנינה נדרשת כאן כצעד ביטחוני ולאומי מובהק".
התרעות פיקוד העורף