בשיאם של מאורעות הדמים, פתחו פורעים ערבים בטבח מתוכנן נגד הקהילה היהודית בעיר. במהלך האירועים נרצחו 67 יהודים ועשרות רבות נפצעו. במהלך ההתקפה על משפחתו, מצאו יצחק ובני משפחתו נתיב מילוט דרך חלון בית הכנסת אברהם אבינו, ובכך הצליחו לחמוק מן הפורעים שפשטו על השכונה ולהינצל ממוות. 67 מקרב 800 תושבי הקהילה היהודית בעיר נרצחו.
בין הניצולים היו רבים שעליהם הגנו והסתירו תושבים ערבים. הניצולים פונו מהעיר, דבר שהביא לקטיעת הרצף היהודי בחברון.
כשבגר שינה יצחק את שם משפחתו לבן חברון. בנעוריו התגייס לשורות משטרת היישובים העבריים ושירת כנוטר בתקופה שלפני קום המדינה. במסגרת תפקידו פעל להגנת היישובים, ובהמשך לקח חלק פעיל במערכות ישראל.
לאחר מלחמת ששת הימים היה בן חברון בין ראשוני הישראלים שחזרו לחדש את ההתיישבות היהודית בחברון. בנו, עמישב, היה לילד היהודי הראשון שנולד למשפחות היהודיות שהקימו התנחלות בחברון. לאורך השנים הקפיד לשמר ולספר על זיכרון הקהילה שחרבה. בשנים האחרונות התגורר באשקלון, לצד בני משפחתו. עם מותו של יצחק בן חברון, נחתם פרק העדות הישירה של ניצולי הטבח בחברון.