הבכירים העריכו כי "הפיגוע עלול להצית את המצב, מה שיוביל להתפרצות של מתנחלים למתחם אל-אקצא, מה שיביך את ירדן - שכן הפגיעה במסגד היא קו אדום מבחינתה". בעוד ההערכה הכללית היא שהשגריר יוחזר עד סוף החודש, "במידה ויימשך השקט בירושלים", אמר בכיר לשעבר בממשל הירדני כי הפיגוע בירושלים אינו מעניינה של ארצו.
ראש לשכת המלך לשעבר, עדנאן אבו עודה, הוסיף: "אין קשר לירדן עם הפיגוע, ויש לזכור שהישראלים פגעו במקומות קדושים בעבר, כאשר הם הרגו 29 פלסטינים במערת המכפלה ב-1994".
אבו עודה דחה גם את הטענה ש"הרג ישראלים בבית הכנסת עלול להביך את ירדן, אם לא תחזיר את השגריר, כי מה שחשוב לירדן הם ירושלים והמקומות הקדושים, ואילו התקרית מאתמול קשורה ברשות הפלסטינית. אם ישראל תתסיס את המצב באל-אקצא, אז היא חוזרת בה מהבטחתה לירדן ולארה"ב בכל מה שקשור להרגעת המצב במקום".
אבו עודה האשים את ישראל באחריות לפיגוע: "הם מתנכלים, הוציאו להורג בתלייה פלסטיני ביום שני, ואלו תגובות טבעיות. המשך הכיבוש וההתנכלות לפלסטינים, יובילו לתסכול שמוביל לאלימות בחברה תחת כיבוש של מתנחלים".
התרעות פיקוד העורף